Α. Όρια και θέση – Τα πρωτοχριστιανικά χρόνια
Η Μητρόπολη Κυδωνίας και Αποκορώνου έχει έδρα τα Χανιά και περιλαμβάνει τις επαρχίες της Κυδωνίας και του Αποκόρωνα του νομού Χανίων. Τα Χανιά είναι κτισμένα στα ερείπια της αρχαίας Κυδωνίας, η οποία ήταν από τις αρχαιότερες και σπουδαιότερες πόλεις της Κρήτης. Τον Α΄ μ.Χ. αι. φαίνεται να ακμάζει και πρέπει να είχε Ιουδαϊκή παροικία. Η Απτέρα στον Αποκόρωνα, ήταν μια από τις ισχυρές πόλεις της δυτικής Κρήτης από τους Κλασικούς χρόνους. Η επικράτειά της εκτεινόταν δυτικά μέχρι τα εδάφη της Κυδωνίας, νότια πιθανότατα μέχρι τα εδάφη της Λάππας (Αργυρούπολη), ανατολικά μέχρι το ακρωτήριο Δρέπανο, ενώ ήλεγχε και τις δύο πλευρές του Αμφιμήτριου (κόλπος της Σούδας). Στις περιοχές των Καλυβών, της Κεράς, της Αλμυρίδας (Φοινικιάς), των Αρμένων και του Στύλου υπάρχουν υπολείμματα από παλαιοχριστιανικές και βυζαντινές εκκλησίες, ενώ και ο ναός του Αγίου Ιωάννου του Θεολόγου στα Άπτερα (μετόχι της Πάτμου), είναι κτισμένος πάνω στα ερείπια μεγάλου παλαιοχριστιανικού ναού.
Την αλήθεια του Χριστιανισμού έφεραν πρώτοι στην Κρήτη προσήλυτοι στον Ιουδαϊσμό Κρήτες, οι οποίοι αναφέρονται στις Πράξεις των αποστόλων μεταξύ των ακροατών του κηρύγματος του αποστόλου Πέτρου στην Ιερουσαλήμ, την ημέρα της Πεντηκοστής (Πράξεις 2, 11).
Ο απόστολος Παύλος, κατά την παρατεταμένη παραμονή του στους Καλούς Λιμένες (Πράξ. 27,9), ίσως είχε την ευκαιρία να κηρύξει τη νέα πίστη και να αφήσει ένα μικρό πυρήνα πιστών. Η πρώτη όμως χριστιανική κοινότητα οργανώθηκε από τον απόστολο Τίτο, μαθητή και στενό συνεργάτη του Παύλου περίπου το 64 μ.Χ. Ο Παύλος εγκατέστησε ως πρώτο επίσκοπο της νήσου τον Τίτο -κατά πάσα πιθανότητα όταν ήρθε για δεύτερη φορά στην Κρήτη μετά την πρώτη φυλάκισή του στη Ρώμη- και του ανέθεσε το συστηματικό έργο του εκχριστιανισμού της νήσου (Τίτ. 1,5). Ο Τίτος χειροτόνησε και εγκατέστησε εννιά επισκόπους για τη διοίκηση, σε διάφορες πόλεις του νησιού, γεγονός που μας οδηγεί στο συμπέρασμα ότι υπήρχαν αρκετές χριστιανικές κοινότητες. Από τις πρώτες επισκοπές που δημιουργήθηκαν, ήταν και η Επισκοπή Κυδωνίας, η οποία αναφέρεται ανάμεσα στις είκοσι πρωτοχριστιανικές επισκοπές της Κρήτης.
Βέβαια, η προσπάθεια διάδοσης του Χριστιανισμού στο νησί συνάντησε την ισχυρή αντίδραση της ειδωλολατρικής θρησκείας. Ο διωγμός του Δεκίου (249-251 μ.Χ.), επεκτάθηκε στην Κρήτη και τότε μαρτύρησαν στο χωριό Άγιοι Δέκα, οι άγιοι δέκα μάρτυρες, ανάμεσα στους οποίους ήταν και ο Βασιλείδης από την Κυδωνία.
Με την επέκταση του Χριστιανισμού, οργανώθηκε στην Κρήτη η Εκκλησία με προκαθήμενο τον αρχιεπίσκοπο Γορτύνης και επισκόπους, που συνέθεταν την τοπική σύνοδο. Ο αριθμός των επισκοπών κυμαινόταν κατά περιόδους από δώδεκα έως και είκοσι.
Β. Πρώτη βυζαντινή περίοδος
Κατά την πρώτη βυζαντινή περίοδο (330-824), η οργάνωση και λειτουργία της Κρήτης ως θέματος είναι άγνωστα. Μετά το χωρισμό του κράτους (395), περιλήφθηκε στο ανατολικό Ρωμαϊκό κράτος. Το 535 ήταν 11η μεταξύ 64 επαρχιών του Ρωμαϊκού κράτους και είχε 22 πόλεις, ανάμεσά τους η Κυδωνία και η Απτέρα. Από τις αρχές του Ε΄ αιώνα η Εκκλησία της Κρήτης, ως Εξαρχία του Ιλλυρικού, υπαγόταν στον επίσκοπο Ρώμης, εθεωρείτο μια των μεγάλων αρχαίων αποστολικών εκκλησιών και είχε τιμητική θέση. Επίσκοπος Κυδωνίας παρίσταται στη Σύνοδο της Σαρδικής (Σόφια) το 342/3, ο Κυδωνίας Κυδώνιος το 381 μετείχε στη Β΄ Οικουμενική Σύνοδο, ο Κυδωνίας Σέβων υπογράφει σε επιστολή της Συνόδου της Κρήτης προς τον Λέοντα Α΄ Ρώμης το 457/8, ο Κυδωνίας Νικήτας μετέχει στην Πενθέκτη Οικουμενική Σύνοδο το 691/2, και ο Κυδωνίας Μελίτων στην Ζ΄ Οικουμενική Σύνοδο το 787. Το 535 ο επίσκοπος Κυδωνίας (με έδρα τα Χανιά και επαρχία τη σημερινή Κυδωνία) έχει την 12η θέση μεταξύ των 22 επισκόπων του νησιού. Ο επίσκοπος Απτέρας (με έδρα την Απτέρα και επαρχία πιθανότατα όλο τον Αποκόρωνα), έχει την 11η θέση. Με βάση το Παρισινόν τακτικόν 1555Α (731-746), στα 8ο και 9ο τακτικά των αρχών του Θ΄ αιώνα, ο επίσκοπος Απτέρης ή Απτέρνης είναι 8ος και ο Κυδωνίας 18ος μεταξύ των 21 επισκόπων της Κρήτης. Στα Πρακτικά της Ζ΄ Οικουμενικής Συνόδου ο Κυδωνίας έχει την 8η θέση, στα Τακτικά του Λέοντος ΣΤ΄ του Σοφού τον Η΄ και Θ΄ αι. την 18η και στο Τακτικόν του Βασιλείου του Βουλγαροκτόνου (980) την 8η. Με βάση την επιγραφή «Επιφανίου επισκόπου», που βρέθηκε πρόσφατα στα ερείπια των Αγίων Αναργύρων Βαφέ (πάνω του είναι κτισμένος ο ναός των Ασωμάτων), και χρονολογούνται τον ΣΤ΄ αι., πιθανότατα ο Επιφάνιος είναι ο μόνος γνωστός επίσκοπος Απτέρων, αφού η επισκοπή Απτέρων μαρτυρείται για πρώτη φορά το 528.
Με την έκδοση του πρώτου θεσπίσματος εναντίον της προσκύνησης των εικόνων του Λέοντα Γ΄ (727), η Κρήτη και τα νησιά της Ελλάδας επαναστάτησαν. Οι εικονομάχοι αυτοκράτορες την απέσπασαν από τον πάπα, που ακολουθούσε εικονόφιλη πολιτική και την προσάρτησαν εκκλησιαστικά στο θρόνο της Κωνσταντινουπόλεως. Η Κρήτη ήταν προπύργιο των εικονοφίλων, γεγονός που επέσυρε σκληρό διωγμό των εικονομάχων και αρκετοί ιερωμένοι υπέστησαν μαρτυρικό θάνατο. Την περίοδο αυτή έλαμψαν ο άγιος Ανδρέας Κρήτης ο Ιεροσολυμίτης, ο άγιος Ανδρέας ο εν Κρίσει, ο καταγόμενος από την Κυδωνία άγιος Νικόλαος Στουδίτης, ο όσιος Γρηγόριος ο εν Ακρίτα, ο όσιος Ανδρόνικος ο νέος, ο οσιομάρτυς Παύλος, οι μάρτυρες μοναχοί Παύλος και Αντώνιος, και ο μάρτυρας Στέφανος ο νεότερος. Στις αρχές του Θ΄ αι. η Κρήτη έχει 21 επισκοπές και στο νησί υπήρχαν 40 βασιλικές και πολλοί ναοί.
Γ. Αραβοκρατία
Το 820 μετά την αποτυχημένη επανάσταση του Θωμά που είχε χαρακτήρα πολέμου εικονοφίλων – εικονομάχων, η δυσαρέσκεια των Κρητών, λόγω των καταπιέσεων της Κωνσταντινούπολης, συντέλεσε στη βαθμιαία κατάκτηση της Κρήτης από τους Άραβες. Η εισβολή τους στην Κρήτη έγινε μεταξύ 823-827 και εγκαθίδρυσαν ένα ιδιότυπο εμιράτο. Στην αρχή, επιδιώκοντας συνύπαρξη και αποδοχή από τους ντόπιους, δεν έκαναν διωγμούς, αλλά αργότερα εξισλάμισαν βίαια ή με πειθώ, ιδίως στα πεδινά, το χριστιανικό πληθυσμό. Οι Σαρακηνοί επιδρομείς λεηλάτησαν τα παράλια της Κρήτης και κατέστρεψαν μονές και σχολεία, διέφθειραν τα ήθη και τη θρησκευτικότητα και υποδούλωσαν τους χωρικούς, οι οποίοι όμως δεν απέβαλαν εντελώς τα ήθη, τις παραδόσεις και κυρίως τη γλώσσα τους. Ίσως έμειναν ελάχιστοι χριστιανοί στα ορεινά, ενώ κατά μια πληροφορία τρεις πόλεις έμειναν ανάλωτοι, αφού οι άρχοντές τους δήλωσαν υποταγή, μεταξύ αυτών και η Κυδωνία που έμεινε αυτοκυβέρνητη. Η Κρήτη βυθίστηκε στο σκοτάδι, κυριάρχησαν στο λαό μανιχαϊστικές αντιλήψεις και άνθισε η μαγεία και η μαντική. Το νησί έγινε φωλιά τυχοδιωκτών και ορμητήριο πειρατών, οι οποίοι λεηλατούσαν παράλιες πόλεις και νησιά και άρπαζαν θησαυρούς. Τα σχεδόν 140 χρόνια της αραβοκρατίας (823 περίπου-961), αποκόπηκε από την αυτοκρατορία και από την Εκκλησία της Κωνσταντινουπόλεως και γι’ αυτό οι γνώσεις μας για τα εκκλησιαστικά πράγματα του νησιού είναι πενιχρότατες και συχνά αντιφατικές. Δεν πρέπει να έγιναν διωγμοί κληρικών, αλλά είναι άγνωστη η στάση των κατακτητών απέναντι στον κλήρο. Τους επισκόπους του νησιού τα ονόματα των οποίων γνωρίζουμε, τους χειροτονούσε το Πατριαρχείο και θα πρέπει να ζούσαν εκτός Κρήτης ως «υπερόριοι». Το 864 αναφέρονται 21 επισκοπές υπό τον αρχιεπίσκοπο Γορτύνης ο οποίος ονομαζόταν έξαρχος Ευρώπης. Την περίοδο αυτή η Κυδωνία μάλλον είχε υπερόριο επίσκοπο.
Δ. Δεύτερη βυζαντινή περίοδος
α) Ανακατάληψη της Κρήτης και οργάνωση της εκκλησίας.
Μετά από τέσσερις αποτυχημένες προσπάθειες ανακατάληψης από την Κωνσταντινούπολη, ο στρατηγός Νικηφόρος Φωκάς το 961, με μια τεράστια στρατιωτική δύναμη 75.000 ανδρών και 250 πλοία αποβιβάστηκε δυτικά του Χάντακα. Μετά από πολιορκία τεσσάρων μηνών, νίκησε τους Σαρακηνούς και ανέκτησε το νησί. Οι πηγές αναφέρουν ότι σκοτώθηκαν 200.000 Άραβες και άλλοι τόσοι αιχμαλωτίστηκαν. Από τότε αρχίζει η δεύτερη βυζαντινή περίοδος στην Κρήτη (961-1204).
Ο Φωκάς βρήκε μόνο ίχνη χριστιανισμού και ελάχιστους χριστιανούς, δούλους ή κατοίκους ορεινών και απρόσιτων περιοχών. Οι Άραβες είχαν αναμιχθεί με τους ντόπιους και υπολείμματά τους υπήρχαν 50 χρόνια μετά. Οι κληρικοί και οι μοναχοί ήταν ελάχιστοι, οι ναοί, η λατρεία και τα ήθη σε άθλια κατάσταση. Ο Φωκάς φρόντισε να διευθετήσει στρατιωτικά, διοικητικά και θρησκευτικά ζητήματα στο νησί. Εγκατέστησε οικογένειες ευγενών βυζαντινών και πολλούς παλαίμαχους στρατιώτες, οι οποίοι έχτισαν νέα χωριά ή βρήκαν έτοιμες κατοικίες στα χωριά που είχαν ερημωθεί από τις σφαγές. Επειδή υπήρχε ανάγκη ευαγγελισμού των κατοίκων φρόντισε για τον εκχριστιανισμό των μουσουλμάνων και των εξισλαμισμένων Κρητών. Κάλεσε τον όσιο Αθανάσιο τον Αθωνίτη, που έδρασε για ένα μικρό διάστημα, και τον Νίκωνα τον Μετανοείτε, που έδρασε στην κεντρική και ανατολική Κρήτη για μια 7ετία. Με την επάνοδο των κατοίκων στην ορθοδοξία κανείς Σαρακηνός ούτε αλλόπιστος έμεινε στην Κρήτη. Στη δυτική Κρήτη έδρασε ο άγιος Ιωάννης ο Ξένος, λόγιος, που καταγόταν από τη Σίβα Πυργιωτίσσης. Ο ρόλος του ήταν μορφωτικός και ενίσχυσε την Ορθοδοξία με μικρά μοναστικά κέντρα. Ο Φωκάς άλλωστε απαγόρευσε να κτιστούν μεγάλα μοναστήρια και έδωσε τις περιουσίες για την αποκατάσταση των απόμαχων στρατιωτών του.
Το 961 λοιπόν, επανήλθε η αρχαία εκκλησιαστική τάξη και διατηρήθηκαν οι περισσότερες παλιές επισκοπές στις πόλεις τους και με τα ονόματά τους. Επανιδρύθηκαν από το Φωκά συνολικά 18 επισκοπές με μικρές μεταβολές: Καντάνου, Κισάμου, Κυδωνίας, Φοινίκης, Λάμπης, Αυλοποτάμου, Ελευθέρνης, Αρκαδίας, Σιβρικίας, Κυταίου, Απολλωνίας, Κνωσσού, Ηρακλείου, Χερρονήσου, Πέτρας, Ιεράς και Σητείας, με αρχιεπίσκοπο στη Γόρτυνα. Επειδή οι αρχαίες πόλεις εξέλιπαν λόγω των καταστροφών, οι έδρες των επισκοπών δεν ήταν οι φερώνυμες πόλεις, αλλά μετακομίστηκαν σε μικρά επαρχιακά χωριά ή σε θρησκευτικά κέντρα που επέζησαν της εποχής των Σαρακηνών ή ορίστηκαν έδρες σε τόπους που παρείχαν περισσότερη ασφάλεια από τις πειρατικές επιδρομές. Οι αρχιερείς έμεναν σε επαρχιακά κέντρα ή μονές ή χωριά και γι’ αυτό προέκυψαν τα ονόματα Επισκοπή, Πισκοπή, Πισκοπιανό, κλπ. Πολιτικό και θρησκευτικό κέντρο ήταν πλέον ο Χάντακας, που ήταν έδρα και του προκαθημένου της Εκκλησίας Κρήτης. Ιδρύθηκε περικαλλής μητροπολιτικός ναός προς τιμήν του αποστόλου Τίτου, προστάτη της κρητικής Εκκλησίας, στην ίδια θέση που βρίσκεται σήμερα ο ομώνυμος ναός. Το 980 η σύνοδος είχε δώδεκα επισκόπους με επικεφαλής το μητροπολίτη, όπως αναφέρεται στο Τακτικό του Βασιλείου Βουλγαροκτόνου. Η έδρα της επισκοπής Κυδωνίας μεταφέρθηκε έξω από τα Xανιά, στην Επισκοπή Αγιάς.
β) Το πρόβλημα της ένταξης της επαρχίας Αποκορώνου εκκλησιαστικά.
Η επισκοπή Απτέρας, που αναφέρεται μέχρι την αραβοκρατία, είχε έδρα την Απτέρα και ίσως δεύτερη έδρα το Φοινικιά (δυτικά της Αλμυρίδας), όπου υπάρχουν δυο παλαιοχριστιανικές βασιλικές σε πολύ κοντινή απόσταση. Η επικράτειά της περιελάμβανε την επαρχία του Αποκόρωνα, αλλά δεν αποκλείεται να κατείχε και ένα μέρος της απέναντι πλευράς του κόλπου της Σούδας και να εκτεινόταν η επισκοπή του τουλάχιστον στο νότιο Ακρωτήρι, αφού στην Απτέρα ανήκαν και οι δύο πλευρές του Αμφιμήτριου (κόλπος της Σούδας). Η επισκοπή Απτέρας φαίνεται ότι καταργήθηκε, αφού δεν υπήρχε ανάμεσα στις 18 επισκοπές μετά το 961. Ο Αποκόρωνας που ονομαζόταν Ψυχρό, με βάση τη βυζαντινή υποδιαίρεση σε τούρμες (περιοχή με μια πόλη-φρούριο), υπαγόταν σε μια ενότητα μαζί με τις τούρμες Καλαμώνος και Καστελλίου Κάτω Σιβρύτου. Η ίδια διοικητική διαίρεση αποτέλεσε τη βάση της διοικητικής διαίρεσης των Βενετών που αποκαλούσαν τον Αποκόρωνα turma Psicro (1321). Η επισκοπή Καλαμώνος, μαρτυρείται για πρώτη φορά στα τέλη του ΙΑ΄ αι., με ασαφή έδρα την Επισκοπή Ρεθύμνου, κοντά στα όρια του Αποκόρωνα. Πριν από το 1196 το μετόχι του της Πάτμου στο Στύλο παραχωρήθηκε από τον Ισαάκιο Γ΄ Άγγελο (1185-1195), στον επίσκοπο Καλαμώνος, ο οποίος ανήγειρε το ναό του Αγίου Νικολάου και εγκατέστησε 4-5 μοναχούς. Το 1401 ο λατίνος επίσκοπος Καλαμώνος Anthonio de Ballancinis, γράφει ότι ο Στύλος ανήκει στην επισκοπή του και ζητά να δοθεί στην ιδιοκτησία του, άρα τουλάχιστον ένα μέρος του Αποκόρωνα ανήκε στην επισκοπή Καλαμώνος. Αργότερα τον ΙΕ΄ αι., ο Καλαμώνος μετέφερε την έδρα του στο Ρέθυμνο, παρέμεινε για ένα διάστημα με την ονομασία «Καλαμώνος», ώσπου ονομάστηκε «Ρεθύμνης». Πότε εντάχθηκε ο Αποκόρωνας στην επισκοπή Κυδωνίας, είναι άγνωστο, ίσως κατά το ΙΕ΄ αι.
Ε. Βενετοκρατία
Μετά το 1204 μεγάλο μέρος της Κρήτης καταλήφθηκε από τους Γενουάτες και το 1211 οι Βενετοί κατέλαβαν οριστικά το νησί. Η ξένη παρουσία διήρκεσε 465 χρόνια και αντιμετώπισε 27 επαναστάσεις και αναρίθμητες ανταρσίες. Οι Βενετοί διαμοίρασαν τα κτήματα των επαναστατών στο κράτος, στη δυτική Εκκλησία και στους έποικους. Στην Κρήτη εγκαταστάθηκαν βενετοί υπάλληλοι, στρατιωτικοί, ιερωμένοι και τυχοδιώκτες, χιλιάδες μισθοφόροι Αλβανοί, Δαλματοί κλπ.
Οι κατακτητές προσπάθησαν, ανεπιτυχώς, να ξεριζώσουν την Ορθόδοξη Εκκλησία. Μετέτρεψαν ριζικά την εκκλησιαστική τάξη, κατάργησαν εντελώς τη Μητρόπολη και τις Ορθόδοξες επισκοπές, απομάκρυναν τους Ορθόδοξους αρχιερείς, ονόμασαν, κατά τα λατινικά πρότυπα, την Εκκλησία Κρήτης Αρχιεπισκοπή και εγκατέστησαν λατίνο αρχιεπίσκοπο και λατίνους επισκόπους. Άφησαν τη διαίρεση, τις έδρες και τα ονόματα των επισκοπών, αλλά τις παρέδωσαν μαζί με την εκκλησιαστική περιουσία, τις εκκλησίες και τα οικήματα στους λατίνους επισκόπους. Επειδή οι επισκοπές ήταν έξω από τις πόλεις και οι επίσκοποι ήταν χωρίς ποίμνιο, συχνά οι εγκαταλειμμένες επισκοπές συγχωνεύονταν. Στα ενετικά έγγραφα αναφέρονται δέκα επισκοπές, ανάμεσά τους και η επισκοπή Αγιάς ή Κυδωνίας (Agia), που είχε έδρα στην Αγιά, όπου υπήρχε μεγάλος Ορθόδοξος ναός και έπαυλη του επισκόπου. Ο λατίνος επίσκοπος κατάργησε τον τίτλο «Κυδωνίας» και ονομάστηκε «Agiensis». Το 1252 όταν κτίστηκαν τα Χανιά μεταφέρθηκε στα Χανιά, στην αρχαία έδρα της επισκοπής. Από το 1336 αναφέρεται «episcopaus Agiensis de la Canea» και από το 1418 αναφέρεται «episcopatus Agiensis civitatis Canee».
Το 1204 τρεις ορθόδοξες επισκοπές χήρευαν και από τους υπόλοιπους εννιά επισκόπους οι τρεις πέθαναν σε σύντομο διάστημα. Ο Ορθόδοξος Αρχιεπίσκοπος Νικόλαος εκδιώχθηκε ή κατέφυγε στη Νίκαια της Βιθυνίας και μαζί του οι επίσκοποι Πέτρας Γρηγόριος και Αρκαδίας Ιωάννης. Παρέμειναν στις επισκοπές τους οι επίσκοποι Χερρονήσου, Αγρίου και ο Κνωσού Παύλος, από τους οποίους το 1224 ζούσαν μόνο δύο και συντηρούνταν από ελεημοσύνες. Στη θέση των ορθοδόξων επισκόπων, προϊστάμενοι του κλήρου τοποθετήθηκαν οι πρωτοπαπάδες, που ήταν ορθόδοξοι ιερείς ή ουνίτες, μισθοδοτούμενοι και ελεγχόμενοι από την διοίκηση, οι οποίοι όμως δεν αναγνωρίζονταν από το Πατριαρχείο.
Οι λατίνοι επίσκοποι, ζούσαν στις πόλεις ή μίσθωναν τα κτήματα των επισκοπών τους και έφευγαν για να ζήσουν εκτός Κρήτης, σε ανετότερα μέρη. Οι περισσότεροι λατίνoι κληρικοί είχαν άθλια μόρφωση, ήταν άξεστοι, ανήθικοι και διεφθαρμένοι. Γι’ αυτό δεν μπορούσαν να επιδράσουν στο θρησκευτικό αίσθημα των λαϊκών. Σταδιακά η θέση τους χειροτέρευε, αφού οι Βενετοί άποικοι λιγόστευαν και δεν μπορούσαν να τους συντηρήσουν. Η λατρεία είχε εγκαταλειφθεί, οι χιλιάδες ναοί, ακόμη και οι καθεδρικοί πολλών επισκοπών, ήταν ακάθαρτοι και σε οικτρή κατάσταση. Όταν ο λατίνος επίσκοπος Χανίων Τζιάν Αλβέρτος Γαρζώνης επιχείρησε το 1615/6 την αναμόρφωση της λατινικής επισκοπής, των μονών και των εισοδημάτων, βρέθηκε σε τέτοια ηθική και οικονομική κατάσταση που έφυγε εσπευσμένα.
Τα πολλά και πλούσια λατινικά μοναστήρια ήταν καταφύγια αμόρφωτων και πανούργων κληρικών, με χαμηλό ηθικό. Οι μοναχοί ήταν απείθαρχοι, δεισιδαίμονες και αμαθείς. Διαχειρίζονταν τα μοναστήρια, τα οποία λαφυραγωγούσαν ο αρχιεπίσκοπος, οι άρχοντες και οι αρχηγοί των μοναχικών ταγμάτων. Οι Βενετοί στην αρχή ευνόησαν τον προσηλυτισμό, προστάτευσαν τους ουνίτες και ανέχτηκαν τα μοναχικά τάγματα.
Οι περισσότεροι έποικοι ζούσαν στις πόλεις και λίγοι ήταν διασπαρμένοι σε χωριά και μετόχια, ανάμεσα σε ορθόδοξους, χωρίς ναούς και ιερείς. Εξυπηρετούνταν από το ορθόδοξο δόγμα το οποίο τελικά ασπάστηκαν πολλοί.
Οι ορθόδοξοι κληρικοί χειροτονούνταν χωρίς έλεγχο, πολλοί ζούσαν επιλήψιμο βίο, ήταν αμαθείς και κακοήθεις, καλλιεργούσαν την δεισιδαιμονία και εκμεταλλεύονταν την αμάθεια του λαού. Για να χειροτονηθεί κάποιος έπρεπε να μεταβεί εκτός Κρήτης (Μονεμβασιά, Μεθώνη, Κορώνη, Κόρινθο, Ζάκυνθο, Κεφαλλονιά, Άθω, Κάρπαθο, Μικρά Ασία), ή να περιμένει την άφιξη στην Κρήτη κάποιου Ορθόδοξου επισκόπου. Στην Κρήτη έρχονταν επίσκοποι περαστικοί, επισκέπτες, σχολάζοντες ή έξαρχοι σταλμένοι από τα ορθόδοξα πατριαρχεία, οι οποίοι χειροτονούσαν ιερείς και εξυπηρετούσαν τον πληθυσμό. Κληρικοί και μοναχοί απαλλάσσονταν από τις αγγαρείες και την στρατολόγηση. Πολλοί εισέρχονταν στον κλήρο υπολογιστικά και γι’ αυτό οι κληρικοί αυξήθηκαν εντυπωσιακά. Αναφέρεται ότι το 1400 ήταν στην Κρήτη περίπου 20.000 κληρικοί, το 1576 στα Χανιά υπήρχαν 25 ιερείς, ενώ σε χωριά που αρκούσαν δύο υπήρχαν 15-20. Συχνά υποκινούσαν το λαό και συμμετείχαν σε επαναστάσεις. Την περίοδο της Βενετοκρατίας 74 αποκεφαλίστηκαν, απαγχονίστηκαν, πέθαναν με βασανιστήρια ή στα κάτεργα. Πάνω από 500 εξοστρακίστηκαν και πέθαναν στην εξορία και πολλοί, άγνωστοι στον αριθμό και το όνομα, με υπόδειξη των λατίνων επισκόπων καθαιρέθηκαν, ξυρίστηκαν, ακρωτηριάστηκαν, στερήθηκαν την ιερωσύνη και καταδικάστηκαν σε ισόβια κωπηλασία. Μετά το 1453 οι Βενετοί τιμώρησαν και απέλασαν ταραχοποιούς κληρικούς σε Χανιά και Ρέθυμνο, το ΙΣΤ΄ αιώνα εξαπέλυσαν διωγμό εναντίον των κληρικών «παπαδοκύνηγον», αλλά γρήγορα για να εξασφαλίσουν την υποστήριξη των ντόπιων σε πιθανή τουρκική επίθεση, έδωσαν ελευθερίες και διακήρυξαν την αξία της ελληνικής θρησκείας.
Στην αρχή τουλάχιστον οι Βενετοί άρπαξαν τις περιουσίες των μονών και τις κατέστρεψαν. Αργότερα οι Ορθόδοξες μονές κατείχαν μεγάλες περιουσίες, αλλά διοικούνταν από αγράμματους ηγουμένους. Επειδή η είσοδος στις μονές εξασφάλιζε την επιβίωση και την απαλλαγή από τις αγγαρείες, πλήθος μοναχοί ζούσαν σ’ αυτές, ενώ πολλοί ιερομόναχοι κατοικούσαν στις πόλεις, διατηρούσαν ενορίες, υπεισέρχονταν σε κοσμικά ζητήματα και ζούσαν βίο επιλήψιμο.
Παρά την πνευματική και ηθική κατάπτωση, ο λαός παρέμενε φανατικά προσηλωμένος στην Ορθοδοξία και αντιστάθηκε στις καταθλιπτικές πιέσεις χωρίς επισκόπους. Διατήρησε την πατρογονική πίστη του, όπως φαίνεται από τους ναούς που κτίστηκαν, από τη συρροή σε εορτές και τελετές και από τις αφιερώσεις περιουσιών σε ναούς και μοναστήρια. Στην εκκλησία πήγαιναν λίγοι χωρικοί, ελάχιστοι εξομολογούνταν, πολλοί δεν ήξεραν να κάμουν το σημείο του σταυρού και ελάχιστοι ήξεραν να απαγγείλουν προσευχή. Ο λαός ήταν βουτηγμένος στην αθλιότητα, την αμάθεια και τις δεισιδαιμονίες, πίστευε στις κατάρες και υφίστατο καταπιέσεις και τοκογλυφία. Θεωρήθηκαν ως φυσικές οι αιμομιξίες, οι διγαμίες, τα παράνομα διαζύγια και γι’ αυτό τα θεμέλια της οικογένειας διασαλεύτηκαν.
Η επαφή του κλήρου με τα πατριαρχεία, το Σινά και την Πάτμο, συντέλεσε στην προσήλωση στην Ορθοδοξία, απέτρεψε την αφομοίωση των Κρητών από τη λατινική πίστη και διαφύλαξε τη θρησκευτική και την εθνική ενότητα του νησιού. Το Οικουμενικό Πατριαρχείο φρόντιζε να διατηρεί τον τίτλο του ορθόδοξου προκαθημένου της κρητικής Εκκλησίας, εκλέγοντας μητροπολίτες ή απονέμοντας τον τίτλο του «Προέδρου Κρήτης» σε ιεράρχες εκτός Κρήτης, συνήθως κρητικής καταγωγής, ή έστελνε δραστήριους θεολόγους και κήρυκες ή τιτουλάριους επισκόπους σε περιόδους επαναστάσεων. Το 1400 περίπου ήρθε στην Κρήτη ο λόγιος μοναχός Ιωσήφ Βρυέννιος, το 1601 εγκαταστάθηκε στην Κυδωνία και έδρασε παράνομα ο επίσκοπος Πορφύριος και το 1602 εφημέρευε στον Άγιο Σπυρίδωνα στην πεδιάδα των Χανίων ο Άνθιμος ο Ομολογητής, μητροπολίτης Αθηνών και Πρόεδρος Κρήτης. Μετά το 1453 και μετά τα μέσα του ΙΣΤ΄ αι. κατέφυγαν στην Κρήτη πολλοί μορφωμένοι κληρικοί που συνέβαλαν στην ανύψωση του επιπέδου του κλήρου και στην προσήλωση στην ορθοδοξία.
Βέβαια οι «φωτισμένοι» αποικιοκράτες, επί 450 χρόνια, δεν δημιούργησαν ούτε ένα εκπαιδευτικό ίδρυμα. Τα μοναστήρια έγιναν κέντρα παιδείας και εκεί αντιγράφηκαν χειρόγραφα και ιδρύθηκαν βιβλιοθήκες. Η συσπείρωση γύρω από λόγιους κληρικούς και οι θρησκευτικές ελευθερίες, που παραχώρησαν οι Βενετοί από τα μέσα του ΙΣΤ΄ αι., βοήθησαν στην ανάπτυξη του μοναχισμού και την αύξηση των μονών. Το 1632 υπήρχαν στην Κρήτη 376 μοναστήρια με 4 χιλιάδες μοναχούς και 5 χιλιάδες εκκλησίες, από τις οποίες 33 ή 37 στην πόλη των Χανίων.
Παρόλο που οι μορφωμένοι και ενάρετοι μοναχοί ήταν λίγοι και σχεδόν όλοι οι σπουδαίοι Κρήτες του ΙΣΤ΄και ΙΖ΄ αι. υπηρέτησαν εκτός Κρήτης, όμως με επιστολές διαπαιδαγώγησαν κλήρο και λαό. Κληρικοί ξακουστοί είναι οι: ιερομόναχος Μελέτιος Βλαστός, Μελέτιος Πηγάς Πατριάρχης Αλεξανδρείας, Μάξιμος Μαργούνιος επίσκοπος Κυθήρων, Κύριλλος Λούκαρις και Αθανάσιος Πατελάρος Οικουμενικοί Πατριάρχες, Γεράσιμος Βλάχος αρχιεπίσκοπος Φιλαδελφείας της Βενετίας, Μελέτιος Χορτάτζης, Μελέτιος Συρίγος, Γαβριήλ Παντογάλος ηγούμενος Ακρωτηριανής, Μελέτιος Παντογάλος Μητροπολίτης Εφέσου, Γεράσιμος Παλαιόκαπας ουνίτης επίσκοπος Κισάμου, Νεκτάριος Πατριάρχης Ιεροσολύμων, κλπ.
Οι ντόπιοι Ορθόδοξοι άρχοντες διέσωσαν στα εξοχικά τους μικρούς ναούς, εικονογραφημένους και με επιγραφές. Μοναχοί και άρχοντες έκτισαν μεγάλες μονές μετά το ΙΕ΄ αι. Οικοδομές, επιγραφές και κανονισμοί μονών δείχνουν υπερίσχυση της Ορθοδοξίας. Η αναβίωση του μοναχισμού, η αφιέρωση περιουσιών στις μονές και η άρση των εμποδίων προς την Ορθόδοξη εκκλησία συντέλεσαν στην ίδρυση μονών. Όταν προσέγγισε το Βενετικό με το Κρητικό στοιχείο, άρχισε η πολιτιστική ανάπτυξη της Κρήτης, που κορυφώθηκε με την Κρητική Αναγέννηση. Προσωπικότητες όπως ο μητροπολίτης Φιλαδελφείας της Βενετίας Γαβριήλ Σεβήρος, οι αδελφοί Ιερεμίας και Λαυρέντιος Τζαγκαρόλοι, ο Ιωάννης Χαρτοφύλακας, ο Μητροφάνης Φασιδώνης κ.ά. έτυχαν αναγνώρισης και σεβασμού από Ορθόδοξους και Βενετούς.
ΣΤ. Τουρκοκρατία
Τον Ιούνιο του 1645 πολυάριθμα πλοία αποβίβασαν 50.000 Τούρκους στρατιώτες στην Κίσαμο, κυρίευσαν το νησί Άγιοι Θεόδωροι (Θοδωρού) και λεηλατώντας έφτασαν στα Χανιά. Η πόλη παραδόθηκε μετά από 57 μέρες πολιορκίας στις 22 Αυγούστου. Στις 3 Νοεμβρίου 1646 έπεσε το Ρέθυμνο και την 1η Μαΐου 1648 ξεκίνησε η πολιορκία του Χάντακα που διήρκησε 21 χρόνια, μέχρι τις 4 Οκτωβρίου 1669 που εισήλθαν οι Τούρκοι στον έρημο Χάντακα. Σκοτώθηκαν 100 χιλιάδες χριστιανοί και πάνω από 118 χιλιάδες μουσουλμάνοι, ενώ από τα Χανιά και το Ρέθυμνο 12 χιλιάδες αιχμάλωτοι πουλήθηκαν ως δούλοι.
Οι κατακτητές δήμευσαν τα δημόσια κτίρια και μετέτρεψαν τις εκκλησίες, ορθόδοξες και λατινικές, σε τζαμιά. Κατέσχεσαν μοναστήρια, κατεδάφισαν εκκλησίες, απαγόρεψαν τις καμπάνες και την επισκευή ή ανέγερση ναών. Κατέσχεσαν όλη την εύφορη γη, αφήνοντας στους χριστιανούς τις άγονες και ορεινές περιοχές. Άρπαζαν τις γυναίκες και τα παιδιά των χριστιανών με αποτέλεσμα το παιδομάζωμα να στοιχίσει 15 χιλιάδες παιδιά από 8-13 ετών, που στάλθηκαν στα τάγματα των γενιτσάρων, αποκτηνώθηκαν, ξέχασαν γονείς, πατρίδα και πίστη. Επέβαλαν ποικίλους φόρους, βασανιστήρια, καταπιέσεις, αναίτιους φόνους, αγγαρείες και δημεύσεις περιουσιών. Μια μεγάλη μερίδα χριστιανών εξισλαμίστηκαν, μια άλλη, οι «κρυπτοχριστιανοί», προσποιούνταν τους μουσουλμάνους και διέσωσαν την προγονική πίστη μέσα στην οικογένειά τους και άλλοι προσχώρησαν σταδιακά στο Ισλάμ. Όσοι αρνούνταν τον εξισλαμισμό θανατώνονταν (νεομάρτυρες). Κυρίως οι φτωχοί Κρήτες αγρότες, στην πλειοψηφία τους γνήσιοι Έλληνες, έμειναν προσηλωμένοι στην ορθόδοξη πίστη. Η Κρήτη υπέφερε φρικτά, περισσότερο από οποιαδήποτε άλλη περιοχή της οθωμανικής αυτοκρατορίας. Ολόκληρα ηγουμενοσυμβούλια αφανίστηκαν όταν αρνήθηκαν τις απαιτήσεις των γενιτσάρων. Η δράση των χαΐνηδων μόνο περιστασιακά ωφέλησε και οι υποκινήσεις των Ρώσων (1711, 1730, 1741, 1762 και 1768) οδήγησαν σε σκληρότερα μέτρα. Η εγκατάσταση γενιτσάρων το ΙΗ΄ αι. στη δυτική Κρήτη συντέλεσε στην μαύρη περίοδο 1715-1770 και γι’ αυτό το 1812 η Πύλη εξολόθρευσε μια μερίδα γενιτσάρων, οι υπόλοιποι όμως συνέχισαν να οργιάζουν, με εγκλήματα και πιέσεις. Η μόνη εξέγερση έγινε το 1770 (επανάσταση του Δασκαλογιάννη). Οι Τούρκοι όμως εισέβαλαν στα Σφακιά, πυρπόλησαν, έσφαξαν, αιχμαλώτισαν και ερήμωσαν την επαρχία.
Το 1645 το Πατριαρχείο, με εισήγηση του μεγάλου διερμηνέα Παναγιώτη Νικούσιου, χειροτόνησε μητροπολίτη Κρήτης το Νεόφυτο Πατελλάρο. Ο Νεόφυτος έμενε στην Κωνσταντινούπολη, ήταν αδελφός της μονής Αρκαδίου και συγγενής του τότε Πατριάρχη Αθανασίου Γ΄. Ακολούθησε στην εκστρατεία κατά της Κρήτης τον Τούρκο αρχιστράτηγο Σιλιχτάρ Γιουσούφ πασά και εγκαθιδρύθηκε με βεράτιο. Ο νέος μητροπολίτης έδρευε στα Χανιά μέχρι το 1669, αλλά δεν γνωρίζουμε ποιες και πόσες επισκοπές ανασύστησε ούτε πόσους επισκόπους εγκαθίδρυσε το Πατριαρχείο. Πριν από την ανασύσταση της Μητροπόλεως οι πραγματικές επισκοπές ήταν τέσσερις: Ηρακλείου, Ρεθύμνης, Χανίων και Σητείας. Συστηματική οργάνωση της εκκλησίας Κρήτης και ανασύσταση των επισκοπών με εγκαθίδρυση επισκόπων έγινε μετά το 1669. Οι Τούρκοι έδιωξαν τους λατίνους ιερωμένους και κατέσχεσαν τη λατινική εκκλησιαστική περιουσία. Αποκαταστάθηκε έτσι η εκκλησιαστική τάξη του νησιού. Ωστόσο η παραχώρηση αυτή, που ήταν σύμφωνη με την πάγια πολιτική της Οθωμανικής αυτοκρατορίας, αποσκοπούσε στην ευκολότερη και αμεσότερη υποταγή των ραγιάδων. Η εκκλησία ανέλαβε τα προνόμια (γάμοι, διαζύγια, δίκες), απέκτησε νομική υπόσταση και οικονομική δύναμη με φορολογικές απαλλαγές, έκδοση φετφάδων και βερατίων. Πρόσφερε σπουδαίες υπηρεσίες στους υπόδουλους και απέτρεψε τον ολικό εξισλαμισμό της Κρήτης. Οι περισσότεροι αρχιερείς που υπηρέτησαν στην Κρήτη επί τουρκοκρατίας δεν ήταν μορφωμένοι, ήταν όμως ευσεβείς, θαρραλέοι, άξιοι καθοδηγητές, εφευρετικοί στις απαιτήσεις των Τούρκων, ένθερμοι οπαδοί της παιδείας και είχαν συναίσθηση της εθνικής αποστολής τους.
Οι κληρικοί πλήρωναν φόρους σε χρήματα, αγαθά και δώρα. Ζούσαν από την εργασία τους και από τις προσφορές των χριστιανών. Ήταν ολιγογράμματοι, ζούσαν υποδειγματική οικογενειακή ζωή, διακρίνονταν για την καθαρότητα του βίου, την ευσέβεια και τον σεβασμό της εκκλησίας μέχρι φανατισμού. Ο απλός παπάς ήταν ο σημαντικότερος σύμβουλος και συμπαραστάτης των χωρικών, ηγέτης της ενορίας του, συμμετείχε συνήθως ενεργά στις εξεγέρσεις και συχνά ήταν το πρώτο θύμα της μανίας και της εκδικητικότητας του κατακτητή.
Η αρχαιότερη πληροφορία για την ύπαρξη επισκόπων στην τουρκοκρατούμενη Κρήτη βρίσκεται σε χειρόγραφο του 1659. Στη διάρκεια της τουρκοκρατίας οι επισκοπές ήταν δώδεκα και διατηρούσαν τα ιστορικά τους ονόματα: Γορτύνης, Κνωσού, Αρκαδίας, Χερρονήσου, Αυλοποτάμου, Αγρίου, Λάμπης, Κυδωνίας, Ιεράς, Πέτρας, Σητείας και Κισάμου. Ο αριθμός των επισκόπων κυμαινόταν από 10-12, ενώ λίγο πριν από το 1821 αναφέρεται και βοηθός του μητροπολίτη Κρήτης. Ο Ορθόδοξος επίσκοπος που εγκαταστάθηκε στα Χανιά υπό τον τίτλο Κυδωνίας ήταν τέταρτος στην τάξη μεταξύ 12 επισκόπων της Κρήτης. Η επισκοπή περιελάμβανε την Κυδωνία και τον Αποκόρωνα, και από τότε αναφέρεται σχεδόν συνέχεια επίσκοπος Κυδωνίας μέχρι το 1822.
Οι Τούρκοι ευνόησαν την ανάπτυξη των ισχυρών μοναστηριών και όσα απέμειναν, απέκτησαν αξιόλογες περιουσίες. Έτσι είχαν τη δυνατότητα να θρέψουν μοναχούς, συγγενείς τους, οικογένειες εργατών και φτωχών, αλλά να ικανοποιήσουν και τις ακόρεστες απαιτήσεις των αγάδων και των γενιτσάρων. Ανασυγκροτήθηκαν οικονομικά, έγιναν ορθόδοξα κέντρα και κατόρθωσαν να ασκήσουν τον πνευματικό προορισμό τους. Οι κατακτητές έκλεισαν τα σχολεία και έδιωξαν τους δασκάλους, τα μοναστήρια όμως συντήρησαν σχολεία, οργάνωσαν βιβλιοθήκες και προμηθεύονταν βιβλία από τη Βενετία. Οι μοναχοί έγιναν οι δάσκαλοι και συνέβαλαν την κατάρτιση των στελεχών της εκκλησίας (ιερέων, αναγνωστών, ψαλτών κλπ.). Όσοι νέοι κατέφευγαν στις μονές διδάσκονταν από τα λειτουργικά βιβλία ή τα κείμενα των πατέρων και των αρχαίων Ελλήνων. Όσα σχολεία λειτούργησαν με την ανοχή του κατακτητή από τις αρχές του ΙΘ΄ αι. χρηματοδοτήθηκαν από τα μοναστήρια. Έτσι η παιδεία έγινε η αιτία των επαναστάσεων της Κρήτης και κατάφερε το τελικό πλήγμα στον δυνάστη. Το Πατριαρχείο με την ανακήρυξη πολλών μοναστηριών σε σταυροπήγια τα προστάτευσε και ενίσχυσε τον μοναχικό βίο, την ευσέβεια και την παιδεία.
Ήδη, από το 1654 ο Νεόφυτος Πατελλάρος, παραχώρησε στο Οικουμενικό Πατριαρχείο επτά από τα πλουσιότερα κρητικά μοναστήρια και πέντε χωριά ως εξαρχία. Ανάμεσά τους ήταν η Αγία Τριάδα των Τζαγκαρόλων, η Κυρία των Αγγέλων Γδερνέτο και η Χρυσοπηγή με τα μετόχια τους, ο Άγιος Σπυρίδωνας στο Βαρούσι, ο Γαλατάς Κυδωνίας και ο Στύλος Αποκορώνου, που ανταλλάχθηκε με τη μονή Αγίου Γεωργίου Μορμόρη στα Νεροκούρου. Αν και μετέπεσαν επί Παϊσίου Β΄ το 1744 σε ενοριακά και το 1769 ο πατριάρχης Θεοδόσιος Β΄ επικύρωσε την απόφαση αυτή, επί Γρηγορίου Ε΄ το 1797 επανήλθαν σε σταυροπήγια. Συχνά βέβαια οι Τούρκοι με επιδρομές, ιδίως σε περιόδους επαναστάσεων, πυρπολούσαν μονές και ναούς, και έσφαζαν μοναχούς. Στις πόλεις οι Τούρκοι για τις λειτουργικές ανάγκες των ορθοδόξων παραχώρησαν μικρούς και ασήμαντους ναούς. Στα Χανιά λειτουργούσαν οι Άγιοι Ανάργυροι και έξω από την πόλη ο Άγιος Ιωάννης του Ταβλά (παλιός άγιος Ιωάννης), ο Άγιος Λουκάς (νεκροταφείο) και ο Άγιος Παντελεήμονας Χαλέπας (μετόχι της Αγίας Τριάδος).
Ζ. Επανάσταση του 1821
Αν και η Φιλική Εταιρεία δεν ενδιαφέρθηκε να μυήσει την Κρήτη, τις παραμονές του ‘21 αρκετοί αρχιερείς, ιερείς και μοναχοί είχαν μυηθεί, όπως ο μητροπολίτης Γεράσιμος, οι επίσκοποι Κισάμου Μελχισεδέκ, Κυδωνίας Καλλίνικος, ο ηγούμενος Πρέβελη Μελχισεδέκ Τσουδερός, κ.ά. Κληρικοί μυημένοι είχαν σταλεί σε επίκαιρες θέσεις, όπως ο Καλλίνικος Κριτοβουλίδης, ο Ζαχαρίας Τσιριγώτης ή Πρακτικίδης, ο Καλλίνικος Βερροιαίος κ.ά. Έτσι από την αρχή της επανάστασης πλήθος κληρικοί έλαβαν μέρος στον αγώνα. Αρκετοί κατέλαβαν πολιτικά αξιώματα και ηγετικές θέσεις και άλλοι πολέμησαν στα πεδία των μαχών. Κάποιοι μάλιστα, επειδή η συμμετοχή ένοπλων κληρικών στον πόλεμο εθεωρείτο τότε αδίκημα και παράβαση των κανόνων της εκκλησίας, αποσχηματίστηκαν εκούσια για να υπηρετήσουν τα ιδανικά της πατρίδας και της ελευθερίας. Οι καταγόμενοι από τον Αποκόρωνα Γρηγόριος Δαμινός και Κωνσταντίνος Ντουνάκης ή Ντουνόπαπας που απαγχονίστηκε στις αρχές του 1827, έγιναν πρότυπα απαράμιλλου θάρρους και διακρίθηκαν στις πολεμικές επιχειρήσεις.
Στη μεγάλη εθνική επανάσταση του ‘21 οι Τούρκοι στα Χανιά συνέλαβαν τους επισκόπους Κισάμου Μελχισεδέκ Δεσποτάκη και Κυδωνίας Καλλίνικο Σαρπάκη, τον ιεροδιάκονο Αρτέμιο, τον δάσκαλο ιεροδιάκονο Καλλίνικο Βερροιαίο, τους ηγουμένους του Γουβερνέτου Αμβρόσιο Βεντουράκη και της Γωνιάς Γαβριήλ, πολλούς κληρικούς και επιφανείς χριστιανούς των Χανίων και τους οδήγησαν στη φυλακή γυμνούς και ξυπόλυτους. Την ημέρα της Αναλήψεως (19/5), έσυραν βίαια χλευάζοντας και χτυπώντας τον επίσκοπο Μελχισεδέκ και τον ιεροδιάκονο Καλλίνικο και τους απαγχόνισαν στην πλατεία της Σπλάντζιας. Στη συνέχεια επιτέθηκαν στο Ακρωτήρι λεηλάτησαν και έκαψαν τις Κορακιές, την Αγία Τριάδα και το Γουβερνέτο και έσφαξαν επτά μοναχούς του Γουβερνέτου.
Στις 24 Ιουνίου 1821, οι εξαγριωμένοι Τούρκοι στο Ηράκλειο κατέσφαξαν τον μητροπολίτη Κρήτης Γεράσιμο Παρδάλη, τους επισκόπους Κνωσού Νεόφυτο, Χερρονήσου Ιωακείμ, Σητείας Ζαχαρία και τον τιτουλάριο επίσκοπο Διοπόλεως Καλλίνικο. Σκότωσαν στους γύρω δρόμους 300 χριστιανούς και τον επίσκοπο Λάμπης Ιερόθεο με το διάκονό του. Την επόμενη μέρα σκότωσαν στην Επάνω Φουρνή τον επίσκοπο Πέτρας Ιωακείμ. Στο Ρέθυμνο φυλάκισαν τον επίσκοπο Γεράσιμο Περδικάρη ή Κοντογιαννάκη τον βασάνιζαν επί ένα χρόνο, ώσπου τον κατακρεούργησαν το Μάιο του 1822. Ο επίσκοπος Κυδωνίας Καλλίνικος Σαρπάκης πέθανε επίσης βασανιζόμενος στις 12/6/1822. Μόνο ο καταγόμενος από τα Χανιά, Αρτέμιος Παρδάλης επίσκοπος Ιεράπετρας (ίσως 1811-1821), απουσίαζε στη Θήρα και γλύτωσε τη σφαγή. Η σφαγή του Ηρακλείου έμεινε στη μνήμη του λαού ως «ο μεγάλος αρπεντές» και η Εκκλησία Κρήτης έμεινε ακέφαλη μέχρι το 1823 όταν χειροτονήθηκε μητροπολίτης Κρήτης ο Καλλίνικος εξ Αγχιάλου (1823-1830).
Η. Από το 1830 μέχρι την αυτονομία της Κρήτης
Το 1831 λόγω της ελάττωσης του πληθυσμού οι επισκοπές της Κρήτης συγχωνεύτηκαν σε πέντε. Η επισκοπή Κυδωνίας συνενώθηκε με την Κισάμου και εξελέγη επίσκοπος ο πρωτοσύγκελλος Κυδωνίας Αρτέμιος, σε ηλικία τριάντα ετών. Από το 1856 με τη δημοσίευση του Χάττι Χουμαγιούν που έδινε θρησκευτική ανεξαρτησία στους υπηκόους της οθωμανικής αυτοκρατορίας, οι χριστιανοί σ’ όλη την Κρήτη άρχισαν να κτίζουν και να επισκευάζουν εκκλησίες. Επειδή ο ναός των Αγίων Αναργύρων στα Χανιά δεν επαρκούσε για τις ανάγκες των πιστών, οι οποίοι είχαν αυξηθεί σημαντικά, οι χριστιανοί με αναφορά τους το 1856, ζήτησαν τη βοήθεια του Σουλτάνου για την ανέγερση εκκλησίας. Παραχωρήθηκε τότε το σαπωνοποιείο που ανήκε στο διοικητή της Κρήτης Βελή πασά και ήταν παλιότερα εκκλησία αφιερωμένη στην Παναγία. Η Τριμάρτυρη εγκαινιάστηκε από τον Κάλλιστο πριν από το Μάιο του 1858, αλλά η αποπεράτωσή της ολοκληρώθηκε μάλλον το 1864, όπως αναφέρει το επίγραμμα της πρόσοψης και αποτελούσε πλέον τον κεντρικό ναό της επισκοπής. Ο Μισαήλ Μαρμαράκης πάντως εξελέγη επίσκοπος Κυδωνίας και Κισάμου τον Ιανουάριο 1859 στο ναό των Αγίων Αναργύρων.
Μετά το 1860 ανασυστήθηκαν οι παλιές επισκοπές της Κρήτης και μαζί τους αποκαταστάθηκε η επισκοπή Κισάμου με την εκλογή του επισκόπου Κισάμου και Σελίνου Γεράσιμου Στρατηγάκη (Απρίλιος 1860). Έτσι η επισκοπή Κυδωνίας επανήλθε στα παλιά όριά της. Το Σεπτέμβριο του 1858 οι οπλαρχηγοί των Χανίων και οι χριστιανικές επιτροπές, ζήτησαν από το διοικητή Σαμή πασά τη σύσταση Δημογεροντίας κι εκείνος δέχτηκε την προσωρινή σύσταση Δημογεροντίας, ενώ το ίδιο έγινε στο Ρέθυμνο και στο Ηράκλειο. Ήδη είχε ξεκινήσει η σύνταξη των Γενικών Κανονισμών οι οποίοι επικυρώθηκαν με βεράτιο το 1860. Ήταν ένα ομοιόμορφο σύστημα διοικήσεως των χριστιανικών κοινοτήτων. Ο εσωτερικός Κανονισμός των τριών Δημογεροντιών της Κρήτης ψηφίστηκε το 1862 και κανόνιζε τις υποχρεώσεις και τη δικαιοδοσία τους. Πρόεδροι ήταν ο Μητροπολίτης στο Ηράκλειο και οι επίσκοποι Κυδωνίας και Αποκορώνου στα Χανιά και Ρεθύμνης και Αυλοποτάμου στο Ρέθυμνο. Οι Δημογεροντίες ανέλαβαν τα Ορφανικά Ταμεία, τη διαχείριση των Χριστιανικών Ορφανικών Περιουσιών, την εκδίκαση κληρονομικών, ορφανικών και οικογενειακού δικαίου υποθέσεων των χριστιανών και είχαν αρμοδιότητες για θέματα παιδείας, κοινωνικής πρόνοιας και κατανομής του στρατιωτικού φόρου.
Κατά τη διάρκεια της επανάστασης του 1866 η εκκλησία της Κρήτης υπέστη ανυπολόγιστες καταστροφές. Ιερείς και μοναχοί σκοτώθηκαν πολεμώντας ή εκτελέστηκαν από τους Τούρκους, μοναστήρια πυρπολήθηκαν και περιουσίες καταστράφηκαν, ενώ χιλιάδες ναοί βεβηλώθηκαν ή κατεδαφίστηκαν. Ο επίσκοπος Κυδωνίας Μισαήλ ζούσε σε φρικτή φτώχεια, όπως αναφέρεται σε επιστολή Κρητών προσφύγων από τα Κύθηρα στις 15/2/1867, οι οποίοι ζητούσαν να του σταλεί χρηματικό βοήθημα.
Το 1880 μετά το θάνατο του Κυδωνίας Γαβριήλ, του Κισάμου Παναρέτου και την παραίτηση του Ρεθύμνης Ιλαρίωνος, εξελέγησαν αντίστοιχα ο Ιερόθεος Μπραουδάκης, ο Παρθένιος Κελαϊδής και ο Διονύσιος Καστρινογιαννάκης. Τις εκλογές αυτές ακολούθησε ένας πόλεμος ψηφισμάτων, ανακοινώσεων, δημοσιευμάτων στις εφημερίδες, αλληλοκατηγοριών, με έξαρση του τοπικισμού, επεμβάσεις κομματικών παραγόντων, προξενικών αρχών και τουρκικής διοίκησης. Στα Χανιά πρόκριτοι, πληρεξούσιοι, δήμαρχοι, δημογέροντες και λαός συνήλθαν στο ναό των Εισοδίων και απέρριψαν την εκλογή του Ιερόθεου ως επιβαλλόμενη, ενώ το ίδιο έγινε και στον Αποκόρωνα. Με αντίστοιχα ψηφίσματα η Κίσαμος, το Σέλινο και το Ρέθυμνο απέρριψαν τις εκλογές των νέων επισκόπων. Ο Ιερόθεος, αν και χειροτονήθηκε στις 23/3/1880 Κυδωνίας, παραιτήθηκε και μετατέθηκε το 1882 στην επισκοπή Ρεθύμνης, αφού ο Διονύσιος μετατέθηκε στην επισκοπή Χερρονήσου. Οι διαφωνίες στα Χανιά καθυστέρησαν την πλήρωση της επισκοπής και έφτασαν στο σημείο να εκφραστεί η ευχή να περιοριστούν σε πέντε οι επισκοπές λόγω της δυσκολίας του χριστιανικού πληθυσμού να συντηρεί τους επισκόπους. Τελικά η Γενική Συνέλευση της Κρήτης το 1887 κατάργησε τη φορολόγηση των χριστιανών υπέρ των επισκόπων και ανέγραψε στον Προϋπολογισμό της Κρήτης ετήσια πίστωση για τη μισθοδοσία τους, η οποία καθιερώθηκε και διασφάλισε την αξιοπρεπή συντήρησή τους. Τον Απρίλιο του 1887, μετατέθηκε στα Χανιά ο Αρκαδίας Νικηφόρος Ζαχαριάδης και η επισκοπή Κυδωνίας πληρώθηκε μετά από επτά χρόνια χηρείας. Έτσι λύθηκε το λεγόμενο επισκοπικό ζήτημα που ταλάνισε την Κρήτη για επτά χρόνια.
Το 1892 με πρόταση του επισκόπου Κυδωνίας Νικηφόρου, ιδρύθηκε στη μονή Αγίας Τριάδος Ιεροδιδασκαλείο από κληροδότημα του πρώην επισκόπου Κισάμου Γεράσιμου Στρατηγάκη. Σκοπός του ήταν η εκπαίδευση ιερέων και δασκάλων. Η προσφορά του ιεροδιδασκαλείου στην Κρήτη είναι ανεκτίμητη.
Τον Ιανουάριο του 1897 όταν οι Τούρκοι πυρπόλησαν τα Χανιά, καταστράφηκαν εντελώς τα νεόκτιστα κτίρια του Παρθεναγωγείου, της Δημογεροντίας και της Επισκοπής. Η επισκοπή και τα κοινοτικά καταστήματα είχαν θεμελιωθεί στις 11/4/1893.
Θ. Από το 1900 μέχρι σήμερα.
Στις αρχές του 1897 ο αιφνίδιος θάνατος του μητροπολίτη Κρήτης Τιμοθέου, προκάλεσε ένα σοβαρό πρόβλημα που ταλάνισε την Κρήτη επί μια τριετία και απασχόλησε την Ελλάδα, το Πατριαρχείο, τις επαναστατικές αρχές, τη νέα πολιτεία και το λαό. Η κρητική κοινωνία αντέδρασε στην εκλογή του επισκόπου Λάμπης και Σφακίων Ευμενίου ως μητροπολίτη Κρήτης, αφού δεν δεχόταν μητροπολίτη εγκαταστημένο με φιρμάνι. Με αμοιβαίες υποχωρήσεις και εξηγήσεις αναγνωρίστηκε στις 14/5/1900 και ανέλαβε κανονικά πλέον τα καθήκοντά του. Ωστόσο οι διαφωνίες στη Σύνοδο όπου υπερτερούσαν πέντε βενιζελικοί επίσκοποι έναντι τριών πριγκιπικών, συνεχίστηκαν για αρκετά χρόνια.
Στις 20 Δεκεμβρίου 1900 δημοσιεύθηκε ο Ν. 276/1900 της Κρητικής Πολιτείας «Καταστατικὸς Νόμος της εν Κρήτη Ορθοδόξου Εκκλησίας», που καθόριζε την οργάνωση της Εκκλησίας Κρήτης υπό καθεστώς σχετικής εκκλησιαστικής αυτονομίας. Όριζε οκτώ επισκοπές, τις έδρες και τις περιοχές τους, τον τρόπο εκλογής των επισκόπων, τα προσόντα, τη χειροτονία, την εγκαθίδρυση, τα καθήκοντα και τις ευθύνες τους. Επίσης τα θέματα γάμου και διαζυγίου, μοναχών και μονών, ενοριών και εφημερίων.
Επειδή τα περισσότερα μοναστήρια της Κρήτης ήταν σε άθλια κατάσταση, για τη βελτίωση του μοναχισμού, ο Νόμος 276 προέβλεπε να παραμείνουν σε κάθε νομό δύο μονές και οι υπόλοιπες να διαλυθούν. Στα Χανιά διατηρούνταν οι μονές Γουβερνέτου και Γωνιάς, οι υπόλοιπες θα διαλύονταν σε έξι μήνες και οι μοναχοί έπρεπε να μεταφερθούν στις διατηρούμενες μονές. Φυσικά οι μοναχοί των διαλυτών μονών αντέδρασαν στην απόφαση, κάποιοι προτίμησαν να εκπατριστούν, η λαϊκή συνείδηση και όσοι εργάζονταν ή σχετίζονταν με τις μονές επαναστάτησαν και τελικά οι αποφάσεις για διάλυση δεν εφαρμόστηκαν. Οι αντιδράσεις και η αναστάτωση που επικράτησε, οδήγησαν το 1903 στην ανασύσταση των μονών.
Από το 1899 ο Κισάμου Δωρόθεος με υπόμνημά του, υπέβαλε προτάσεις για τη βελτίωση της θέσης του κλήρου. Την εποχή εκείνη αρκετοί ιερείς είχαν φοιτήσει σε ιερατικές σχολές και είχαν τη βασική μόρφωση, κυρίως μοναχοί είχαν σπουδάσει σε θεολογικές σχολές, οι περισσότεροι όμως ήταν ολιγογράμματοι, αλλά ευλαβέστατοι, έχαιραν υπολήψεως και επιβάλλονταν περισσότερο με την ευσέβεια παρά με την ευγλωττία ή τα άλλα προτερήματά τους. Συντηρούνταν από τις προσφορές των χριστιανών και αναγκάζονταν να εργάζονται χειρωνακτικά ή να μετέρχονται άλλα μέσα για να επιβιώσουν. Ο Δωρόθεος θεωρούσε απαραίτητη τη σύνδεση της εκπαίδευσης με την υλική αποκατάσταση του κλήρου και πρότεινε τη σύσταση ειδικού Εκκλησιαστικού Ταμείου, αλλά οι προτάσεις του δεν έτυχαν αποδοχής.
Ο Ν. 276/1900 έγινε απόπειρα να τροποποιηθεί με την έκδοση του Ν. 5621/31-8-1932. Η Σύνοδος της Κρήτης πρότεινε τη συγχώνευση και τον περιορισμό των επισκοπών σε 4 ισότιμες μητροπόλεις, μία σε κάθε νομό (Ηρακλείου, Ρεθύμνης, Χανίων και Νεαπόλεως), με απώτερη πρόβλεψη την υπαγωγή της Εκκλησίας Κρήτης στην Αυτοκέφαλη Εκκλησία της Ελλάδος. Ο νόμος αυτός, προκάλεσε εκκλησιαστική κρίση και οξύτατες αντιθέσεις μεταξύ των αρχιερέων της νήσου. Δεν εφαρμόστηκε ποτέ, αφού προσέκρουσε στην άρνηση του Πατριαρχείου και στη διαφωνία των επισκόπων της Κρήτης για την έκταση των μεταρρυθμίσεων, ώσπου τελικά καταργήθηκε με τον ΑΝ. 25/10/1935.
Το 1936 με ειδική νομοθετική πρόβλεψη, λόγω έλλειψης επισκόπων στην Κρήτη, έγινε συμπλήρωση της Συνόδου με πέντε εκλογείς αρχιερείς από την Πατριαρχική Σύνοδο και εξελέγησαν και χειροτονήθηκαν στο Ηράκλειο, οι επίσκοποι Ρεθύμνης Αθανάσιος, Κυδωνίας Αγαθάγγελος, Λάμπης Ευμένιος, Ιεράς Φιλόθεος και Κισάμου Χρυσόστομος. Την περίοδο της γερμανικής κατοχής ο Κυδωνίας Αγαθάγγελος Ξηρουχάκης, γνώστης της γερμανικής και της ιταλικής γλώσσας και της ψυχολογίας των κατακτητών, παρείχε ανεκτίμητες υπηρεσίες στο ποίμνιό του.
Με τον Καταστατικό Χάρτη (Ν. 4149/1961) διαμορφώθηκε ένα νομοκανονικό καθεστώς αμεσότερης εξάρτησης από το Οικουμενικό Πατριαρχείο, σε σχέση με τη Σύμβαση του 1900. Με την Πατριαρχική και Συνοδική Πράξη 812/25-9-1962, η οποία κυρώθηκε με το ΝΔ. 4562/1966, μετά από αίτημα της Επαρχιακής Συνόδου Κρήτης, οι επισκοπές της Κρήτης ανυψώθηκαν σε μητροπόλεις και οι επίσκοποι έλαβαν τον τίτλο του μητροπολίτη. Με Πατριαρχική και Συνοδική Πράξη (283/28-2-1967), ο μητροπολίτης Κρήτης μετονομάστηκε σε αρχιεπίσκοπο. Στις 8/2/1975 τριμελής Πατριαρχική Εξαρχία συμμετείχε στη Σύνοδο Κρήτης και πλήρωσε τις χηρεύουσες μητροπόλεις Κυδωνίας και Αποκορώνου, Κισάμου και Σελίνου και Λάμπης και Σφακίων.
Τέλος στις 7 Νοεμβρίου 2006, μετά την εκλογή του μητροπολίτη Κυδωνίας Ειρηναίου στον αρχιεπισκοπικό θρόνο, η Σύνοδος της Κρήτης εξέλεξε μητροπολίτη Κυδωνίας και Αποκορώνου τον αρχιμανδρίτη Δαμασκηνό Παπαγιαννάκη.
+ πρωτ. Μιχαήλ Βλαβογιλάκης
θεολόγος – ιστορικός