- Η Ιστορία της μητροπόλεως Κυδωνίας και Αποκορώνου
Α. Όρια και θέση – Τα πρωτοχριστιανικά χρόνια.
Η Μητρόπολη Κυδωνίας και Αποκορώνου έχει έδρα τα Χανιά και περιλαμβάνει τις επαρχίες της Κυδωνίας και του Αποκόρωνα του νομού Χανίων. Τα Χανιά είναι κτισμένα στα ερείπια της αρχαίας Κυδωνίας η οποία ήταν από τις αρχαιότερες και σπουδαιότερες πόλεις της Κρήτης. Τον 1ο μ.Χ. αι. φαίνεται να ακμάζει και πρέπει να υπήρχε Ιουδαϊκή παροικία. Η Απτέρα στον Αποκόρωνα, ήταν μια από τις ισχυρές πόλεις της δυτικής Κρήτης από τους Κλασικούς χρόνους. Η επικράτειά της εκτεινόταν δυτικά μέχρι τα εδάφη της Κυδωνίας, νότια πιθανότατα μέχρι τα εδάφη της Λάππας (Αργυρούπολη), ανατολικά μέχρι το ακρωτήριο Δρέπανο, ενώ ήλεγχε και τις δύο πλευρές του Αμφιμήτριου (κόλπος της Σούδας). Στις περιοχές των Καλυβών, της Κεράς, της Αλμυρίδας (Φοινικιάς), των Αρμένων και του Στύλου υπάρχουν υπολείμματα από παλαιοχριστιανικές και βυζαντινές εκκλησίες, ενώ και ο ναός του Αγίου Ιωάννου του Θεολόγου στα Άπτερα (μετόχι της Πάτμου), ο οποίος επεκτάθηκε μετά το 1900, είναι κτισμένος πάνω στα ερείπια μεγάλου παλαιοχριστιανικού ναού της πρωτοβυζαντινής εποχής, του οποίου σώζεται ακέραια η μεγάλη αψίδα και αναφέρεται στην απογραφή του 1637 ως μονή του Αγίου Ιωάννου στον Στύλο.
Την αλήθεια του Χριστιανισμού στην Κρήτη έφεραν πρώτοι προσήλυτοι στον Ιουδαϊσμό Κρήτες, οι οποίοι αναφέρονται στις Πράξεις των αποστόλων μεταξύ των ακροατών του κηρύγματος του αποστόλου Πέτρου στην Ιερουσαλήμ, κατά την ημέρα της Πεντηκοστής (Πράξεις 2,11).
Ο απόστολος Παύλος, κατά την παρατεταμένη παραμονή του στους Καλούς Λιμένες (Πράξ. 27,9), ίσως είχε την ευκαιρία να κηρύξει τη νέα πίστη και να αφήσει ένα μικρό πυρήνα πιστών. Η πρώτη όμως χριστιανική κοινότητα οργανώθηκε περίπου το 64 μ.Χ., από τον απόστολο Τίτο, μαθητή και στενό συνεργάτη αποστόλου Παύλου. Ο Παύλος εγκατέστησε ως πρώτο επίσκοπο της νήσου τον Τίτο -κατά πάσα πιθανότητα όταν επισκέφθηκε για δεύτερη φορά την Κρήτη μετά την πρώτη φυλάκισή του στη Ρώμη- και του ανέθεσε το συστηματικό έργο του εκχριστιανισμού της νήσου (Τίτ. 1,5). Ο Τίτος χειροτόνησε και εγκατέστησε εννιά επισκόπους για τη διοίκηση, σε διάφορες πόλεις του νησιού, γεγονός που μας οδηγεί στο συμπέρασμα ότι υπήρχαν αρκετές χριστιανικές κοινότητες. Από τις πρώτες επισκοπές που δημιουργήθηκαν, ήταν και η Επισκοπή Κυδωνίας, η οποία αναφέρεται ανάμεσα στις είκοσι πρωτοχριστιανικές επισκοπές της Κρήτης.
Βέβαια, η προσπάθεια διάδοσης του Χριστιανισμού στο νησί συνάντησε την ισχυρή αντίδραση της ειδωλολατρικής θρησκείας. Ο διωγμός του Δεκίου (249-251 μ.Χ.), επεκτάθηκε και στην Κρήτη και τότε μαρτύρησαν στο χωριό Άγιοι Δέκα, οι άγιοι δέκα μάρτυρες, ανάμεσα στους οποίους ήταν και ο Βασιλείδης από την Κυδωνία.
Με την επέκταση του Χριστιανισμού, οργανώθηκε στην Κρήτη η Εκκλησία με προκαθήμενο τον αρχιεπίσκοπο Γορτύνης και επισκόπους, που συνέθεταν την τοπική σύνοδο. Ο αριθμός των επισκοπών κυμαινόταν κατά περιόδους από δώδεκα έως και είκοσι.
Β. Πρώτη βυζαντινή περίοδος
Κατά την πρώτη βυζαντινή περίοδο (330-827), η οργάνωση και λειτουργία της Κρήτης ως θέματος είναι άγνωστα. Μετά το χωρισμό του κράτους (395), περιλήφθηκε στο ανατολικό Ρωμαϊκό κράτος. Το 535 ήταν 11η μεταξύ 64 επαρχιών του Ρωμαϊκού κράτους και είχε 22 πόλεις ανάμεσά τους η Κυδωνία και η Απτέρα. Από τις αρχές του 5ου αι. η Εκκλησία της Κρήτης, ως Εξαρχία του Ιλλυρικού, υπαγόταν στον επίσκοπο Ρώμης, εθεωρείτο μια των μεγάλων αρχαίων αποστολικών εκκλησιών και είχε τιμητική θέση. Επίσκοπος Κυδωνίας παρίσταται στη Σύνοδο της Σαρδικής (Σόφια) το 342/3, ο επίσκοπος Κυδωνίας Κυδώνιος το 381 μετείχε στη Β΄ Οικουμενική Σύνοδο, ο επίσκοπος Κυδωνίας Σέβων υπογράφει σε επιστολή της Συνόδου της Κρήτης προς τον Λέοντα Α΄ Ρώμης το 457/8, ο επίσκοπος Κυδωνίας Νικήτας μετέχει στην Πενθέκτη Οικουμενική Σύνοδο το 691/2, και ο επίσκοπος Κυδωνίας Μελίτων στην Ζ΄ Οικουμενική Σύνοδο το 787. Το 535 ο επίσκοπος Κυδωνίας (με έδρα τα Χανιά και επαρχία τη σημερινή Κυδωνία) έχει την 12η θέση μεταξύ των 22 επισκόπων του νησιού. Τον 7ο αι. οι επισκοπές της Κρήτης είναι οι: Γορτύνης, Αρκαδίας, Κνωσού, Χερρονήσου, Σητείας, Ιεράπετρας, Συβρίτου, Λάμπης, Καντάνου, Κισάμου, Κυδωνίας και Ελεύθερνας. Ο επίσκοπος Απτέρας (με έδρα την Απτέρα και επαρχία πιθανότατα όλο τον Αποκόρωνα), έχει την 11η θέση. Με βάση το Παρισινόν τακτικόν 1555Α (731-746), στα 8ο και 9ο τακτικά των αρχών του 9ου αι. ο Απτέρης ή Απτέρνης είναι 8ος και ο Κυδωνίας 18ος μεταξύ 21 επισκόπων της Κρήτης. Στα Πρακτικά της Ζ΄ Οικουμενικής Συνόδου ο επίσκοπος Κυδωνίας έχει την 8η θέση, στα Τακτικά του Λέοντος ΣΤ΄ του Σοφού τον 8ο και 9ο αι. την 18η και στο Τακτικόν του Βασιλείου του Βουλγαροκτόνου (980) την 8η. Με βάση την επιγραφή «Επιφανίου επισκόπου», που βρέθηκε πρόσφατα στα ερείπια των Αγίων Αναργύρων Βαφέ (πάνω του είναι κτισμένος ο ναός των Ασωμάτων), και χρονολογούνται τον 6ο αι., πιθανότατα ο Επιφάνιος είναι ο μόνος γνωστός Επίσκοπος Απτέρων, αφού η επισκοπή Απτέρων μαρτυρείται για πρώτη φορά το 528.
Με την έκδοση του πρώτου θεσπίσματος εναντίον της προσκύνησης των εικόνων του Λέοντα Γ΄ (727), η Κρήτη και τα νησιά της Ελλάδας επαναστάτησαν. Οι εικονομάχοι αυτοκράτορες την απέσπασαν από τον πάπα που ακολουθούσε εικονόφιλη πολιτική και την προσάρτησαν εκκλησιαστικά στο θρόνο της Κωνσταντινουπόλεως. Η Κρήτη ήταν προπύργιο των εικονοφίλων, γεγονός που επέσυρε σκληρό διωγμό των εικονομάχων και αρκετοί ιερωμένοι υπέστησαν μαρτυρικό θάνατο. Την περίοδο αυτή έλαμψαν ο άγιος Ανδρέας Κρήτης ο Ιεροσολυμίτης, ο άγιος Ανδρέας ο εν Κρίσει, ο καταγόμενος από την Κυδωνία άγιος Νικόλαος Στουδίτης, ο όσιος Γρηγόριος ο εν Ακρίτα, ο όσιος Ανδρόνικος ο νέος, ο οσιομάρτυς Παύλος, οι μάρτυρες μοναχοί Παύλος και Αντώνιος, και ο μάρτυρας Στέφανος ο νεώτερος. Στις αρχές του 9ου αι. η Κρήτη έχει 21 επισκοπές και στο νησί υπήρχαν 40 βασιλικές και πολλοί ναοί.
Γ. Αραβοκρατία
Το 820 η εξέγερση του στρατηγού Θωμά Σλάβου εναντίον του αυτοκράτορα της Κωνσταντινούπολης, ένας εμφύλιος πόλεμος που διήρκεσε ως το 823, απείλησε σοβαρά την ενότητα και την επιβίωση της αυτοκρατορίας. Ήταν μια από τις μεγαλύτερες εξεγέρσεις στην ιστορία του Βυζαντίου, πήρε χαρακτήρα πολέμου εικονόφιλων – εικονομάχων, προκάλεσε τη δυσαρέσκεια των εικονόφιλων Κρητών και είχε ως αποτέλεσμα την καταστροφή του βυζαντινού στόλου.
Την ίδια εποχή μετά την καταστολή της εξέγερσης κατά του εμίρη της Κόρδοβας στην Ισπανία, αναγκάστηκαν σε εξορία Ανδαλούσιοι σουνίτες μουσουλμάνοι, πολλοί από τους οποίους κατέφυγαν στην Αλεξάνδρεια με τις οικογένειές τους. Το 822 με επικεφαλής τον Abu Hafs Omar (Απόχαψις κατά τους Βυζαντινούς), μια ομάδα Αράβων αποβιβάστηκε στο Ακρωτήριο Χάρακας στον όρμο της Βιάννου ή της Σύμης στην περιοχή του Κερατόκαμπου, αναζητώντας ένα νέο τόπο μόνιμης εγκατάστασης. Οι επιδρομείς επιδίωκαν αρχικά με συνεννοήσεις την εγκατάστασή τους στο νησί. Οι Κρήτες δυσαρεστημένοι από την εικονομαχική πολιτική της Κωνσταντινούπολης και από τη βαριά φορολογία φάνηκαν απρόθυμοι να αντισταθούν. Οι Άραβες προχώρησαν λεηλατώντας και κατέλαβαν το Ηράκλειο που έλαβε το όνομα Χάνδακας (Rabdh el-Khandaq = το Φρούριο της Τάφρου), από την προστατευτική τάφρο, που άνοιξαν γύρω από την πόλη. Το 827 ή 828, επιβαίνοντας σε 40 πολεμικά πλοία άλλοι 10.000 περίπου επιδρομείς έφτασαν στην Κρήτη. Με ορμητήριο τον οχυρό Χάνδακα, αφού απέκρουσαν τις πρώτες βυζαντινές επιθέσεις, επέκτειναν σταδιακά την κυριαρχία τους στο υπόλοιπο νησί.
Ο αυτοκράτορας Μιχαήλ ο Β΄, εξαπέλυσε διαδοχικές εκστρατείες για την ανακατάληψη του νησιού, που πήραν το χαρακτήρα «ιερού πολέμου», αλλά όλες απέτυχαν. Το 825 με τον πρωτοσπαθάριο Φωτεινό και τον κόμη Δαμιανό, το 826 με τον στρατηγό Κρατερό και το 828 με τον στρατηγό Νικήτα Ωορύφα. Την ίδια τύχη είχαν αργότερα εκστρατείες με τον λογοθέτη Θεόκτιστο και τον Σέργιο Νικητιάτη (843), και τον επόμενο αιώνα με τον λογοθέτη Ιμέριο (911), με τον Κωνσταντίνο Γογγύλο (949) και τέλος με τον Βασίλειο Χαρηνό (956).
Οι Άραβες εγκαθίδρυσαν ένα ιδιότυπο εμιράτο, φοβερό πειρατικό κέντρο, μάστιγα των νησιών και των παραλίων της Ελλάδας, τα οποία λεηλατούσαν με επιδρομές, αποκόμιζαν θησαυρούς και αιχμαλώτιζαν δούλους. Από τις ελάχιστες αναφορές το εμιράτο της Κρήτης παρουσιάζεται ως ένα οργανωμένο κράτος με εύρωστη οικονομία, δικό του νόμισμα, εμπορικούς δεσμούς και ανθηρή γεωργία, ενώ ο Χάνδακας εξελίχθηκε σε πολιτισμικό κέντρο.
Η Αραβοκρατία στην Κρήτη είναι μια σκοτεινή περίοδος λόγω έλλειψης πληροφοριών και αρχαιολογικών υπολειμμάτων. Η Κρήτη ήταν αποκομμένη από τον κορμό του βυζαντινού κράτους και από το Πατριαρχείο. Τα παράλια στην αρχή λεηλατήθηκαν και καταστράφηκαν μνημεία Μινωικά, Ρωμαϊκά και Χριστιανικά. Οι κατακτητές επιδιώκοντας συνύπαρξη και αποδοχή από τους ντόπιους, δεν έκαναν διωγμούς, δεν υπάρχουν άλλωστε ενδείξεις μαζικού εξισλαμισμού, και δεν κατέστρεψαν ναούς, μονές και σχολεία. Κάποιοι χριστιανοί αλλαξοπίστησαν με βία ή με πειθώ, ιδίως στις πόλεις και στα πεδινά, ή με αναγκαστική επιμειξία. Άλλοι εξισλαμίσθηκαν εκούσια γιατί νόμιζαν ότι θα είχαν μια καλύτερη ζωή, ενώ πρέπει να υπήρχαν και κρυπτοχριστιανοί.
Οι μουσουλμάνοι και οι ντόπιοι προσήλυτοι επικρατούσαν στις πόλεις. Φαίνεται ότι την περίοδο αυτή συνεχίστηκε η απαστικοποίηση με συνέπεια την υποβάθμιση των πόλεων και παράλληλα την ανάπτυξη των αγροτικών οικισμών της ενδοχώρας. Οι κατακτητές ήταν αδιάφοροι ή χαλαροί θρησκευτικά και, κυρίως στις πόλεις, διέφθειραν τα ήθη και τη θρησκευτικότητα με συνέπεια να κυριαρχήσουν στο λαό μανιχαϊστικές αντιλήψεις και να ανθίσει η μαγεία και η μαντική. Οι περισσότεροι Κρητικοί παρέμειναν Ορθόδοξοι χριστιανοί και ιδίως ο πληθυσμός της υπαίθρου έμεινε ανέπαφος και δεν απέβαλε εντελώς τα ήθη και τις παραδόσεις, και κυρίως τη γλώσσα του με αποτέλεσμα να διατηρήσει το εθνικό και θρησκευτικό αίσθημα.
Επειδή οι κατακτητές δεν επέτρεπαν την ύπαρξη επισκόπων, αλλά αδιαφορούσαν για την ύπαρξη κατώτερου χριστιανικού κλήρου, επίσκοποι εγκατεστημένοι σε εδάφη κοντά στην Κρήτη χειροτονούσαν κληρικούς. Τους επισκόπους του νησιού, λίγους από τους οποίους γνωρίζουμε, τους χειροτονούσε το Πατριαρχείο και ζούσαν εκτός Κρήτης ως «υπερόριοι». Το 864 αναφέρεται ότι η Κρήτη είχε 21 επισκοπές υπό τον αρχιεπίσκοπο Γορτύνης ο οποίος ονομαζόταν έξαρχος Ευρώπης. Την περίοδο αυτή η Κυδωνία μάλλον είχε υπερόριο επίσκοπο. Ωστόσο η μακροχρόνια αποκοπή από το Πατριαρχείο προκάλεσε σταδιακή παρακμή και χαλάρωση του θρησκευτικού φρονήματος, που οφείλεται και στην εικονομαχία, αφού η Κρήτη καταλήφθηκε πριν τη λήξη της. Η κατάσταση αυτή είχε συνέπειες και στη μνημειακή τέχνη, που περιορίστηκε στη συντήρηση της υπάρχουσας κατάστασης και σε λαϊκού χαρακτήρα επαναλήψεις. Τα μοναστήρια επίσης γνώρισαν παρακμή, κάποια συρρικνώθηκαν και άλλα συνέχισαν να λειτουργούν, αλλά ο μοναχισμός υπέστη πλήγμα.
Δ. Δεύτερη βυζαντινή περίοδος
α) Ανακατάληψη της Κρήτης – Εκκλησιαστική οργάνωση και ανακατατάξεις
Μετά από επτά αποτυχημένες προσπάθειες ανακατάληψης της Κρήτης από την Κωνσταντινούπολη, ο στρατηγός Νικηφόρος Φωκάς το 961, με μια τεράστια στρατιωτική δύναμη 75.000 ανδρών και 250 πλοία αποβιβάστηκε δυτικά του Χάνδακα. Μετά από πολιορκία τεσσάρων μηνών, νίκησε τους Σαρακηνούς και ανέκτησε το νησί. Οι πηγές αναφέρουν ότι σκοτώθηκαν 200.000 Άραβες και άλλοι τόσοι αιχμαλωτίστηκαν. Από τότε αρχίζει η δεύτερη βυζαντινή περίοδος στην Κρήτη (961-1204).
Ο Φωκάς φρόντισε να διευθετήσει στρατιωτικά, διοικητικά και θρησκευτικά ζητήματα στο νησί. Εγκατέστησε οικογένειες ευγενών Βυζαντινών και πολλούς παλαίμαχους στρατιώτες, οι οποίοι έχτισαν νέα χωριά ή βρήκαν έτοιμες κατοικίες στα χωριά που είχαν ερημωθεί. Επειδή υπήρχε ανάγκη ευαγγελισμού των κατοίκων φρόντισε για τον εκχριστιανισμό των μουσουλμάνων και των εξισλαμισμένων Κρητών. Κάλεσε τον όσιο Αθανάσιο τον Αθωνίτη, που έδρασε για ένα μικρό διάστημα, και τον όσιο Νίκωνα τον Μετανοείτε που έδρασε στην κεντρική και ανατολική Κρήτη για μια 7ετία. Η δράση του είχε σκοπό την ανέγερση μονών και εκκλησιών, τον επανεκχριστιανισμό των λίγων εξισλαμισμένων και κυρίως την αναζωπύρωση χριστιανικού φρονήματος αφού οι Άραβες σεβάστηκαν λόγω του Κορανίου την πίστη των χριστιανών. Με την ανακατάληψη της Κρήτης ουδείς Σαρακηνός ούτε άλλος ετερογενής έμεινε στην Κρήτη. Στη δυτική Κρήτη έδρασε ο άγιος Ιωάννης ο Ξένος, λόγιος, που καταγόταν από τη Σίβα Πυργιωτίσσης. Ο ρόλος του ήταν μορφωτικός και ενίσχυσε την Ορθοδοξία με μικρά μοναστικά κέντρα. Ο Φωκάς άλλωστε απαγόρευσε να κτιστούν μεγάλα μοναστήρια και έδωσε τις περιουσίες για την αποκατάσταση των απόμαχων στρατιωτών του. Μετά την απελευθέρωση της Κρήτης από τους Σαρακηνούς κτίσθηκαν πολλές εκκλησίες και πλήθος μικρά μοναστήρια.
Το 961 λοιπόν, επανήλθε η αρχαία εκκλησιαστική τάξη και διατηρήθηκαν οι περισσότερες παλιές επισκοπές στις πόλεις τους και με τα ονόματά τους. Επανιδρύθηκαν από το Φωκά συνολικά 18 επισκοπές με μικρές μεταβολές: Καντάνου, Κισάμου, Κυδωνίας, Φοινίκης, Λάμπης, Αυλοποτάμου, Ελευθέρνης, Αρκαδίας, Γορτύνης, Σιβρικίας, Κυταίου, Απολλωνίας, Κνωσσού, Ηρακλείου, Χερρονήσου, Πέτρας, Ιεράς και Σητείας. Επειδή οι αρχαίες πόλεις εξέλιπαν λόγω των καταστροφών, οι έδρες των επισκοπών δεν ήταν οι φερώνυμες πόλεις της Κρήτης, αλλά μετακομίσθηκαν σε μικρά επαρχιακά χωριά ή σε θρησκευτικά κέντρα που επέζησαν από την εποχή των Σαρακηνών ή ορίστηκαν έδρες σε τόπους που παρείχαν περισσότερη ασφάλεια από τις πειρατικές επιδρομές, όχι μακρυά από τις παλιές έδρες. Έτσι οι αρχιερείς έμεναν σε επαρχιακά κέντρα ή μονές ή χωριά και γι’ αυτό προέκυψαν τα ονόματα Επισκοπή, Πισκοπή, Πισκοπιανό, κλπ. Πολιτικό και θρησκευτικό κέντρο ήταν πλέον ο Χάνδακας, που έγινε έδρα και του προκαθημένου της Εκκλησίας Κρήτης. Ιδρύθηκε περικαλλής μητροπολιτικός ναός προς τιμήν του αποστόλου Τίτου, προστάτη της Κρητικής Εκκλησίας, στην ίδια θέση που βρίσκεται σήμερα ο ομώνυμος ναός. Να σημειωθεί ότι κατά τη Δεύτερη Βυζαντινή περίοδο στην Κρήτη φαίνεται ότι υπήρχε μόνο ένα αστικό κέντρο, ο Χάνδακας, ενώ στο υπόλοιπο νησί η κατοίκηση ήταν οργανωμένη σε αγροτικούς οικισμούς, στην ενδοχώρα.
Άξιο αναφοράς είναι το γεγονός της εγκατάστασης μετά το 961 από το βυζαντινό κράτος των «δώδεκα αρχοντόπουλων» στην Κρήτη. Ήταν νεαροί γόνοι αριστοκρατικών οικογενειών, οι οποίοι πήραν γη και προνόμια με σκοπό την άμυνα και τη διοικητική οργάνωση της Κρήτης. Αποτέλεσαν την τοπική αριστοκρατία και συνέβαλαν ως χορηγοί και «ενδιάμεσοι» στις καλλιτεχνικές σχέσεις με το κέντρο και στην αναβάθμιση του νησιού. Το γεγονός αυτό μαρτυρούν τα σημαντικά κοσμικά και εκκλησιαστικά μνημεία, αλλά και ενδιαφέροντα ερείπια που έχουν αποκαλυφθεί.
Το 980 η σύνοδος της Κρήτης είχε δώδεκα επισκόπους με επικεφαλής το μητροπολίτη, όπως αναφέρεται στο Τακτικό του Βασιλείου Βουλγαροκτόνου. Η έδρα της επισκοπής Κυδωνίας μεταφέρθηκε μεταφέρθηκε από τον παραλιακό οικισμό των Xανίων στην Επισκοπή Αγιάς. Εκεί υπήρχε μια παλαιοχριστιανική τρίκλιτη βασιλική, ξυλόστεγη, με εγκάρσιο κλίτος, αφιερωμένη στην Παναγία, η οποία ανακατασκευάστηκε σε μονόχωρο, καμαροσκέπαστο ναό.
β) Το πρόβλημα της ένταξης της επαρχίας Αποκορώνου εκκλησιαστικά
Η επισκοπή Απτέρας, που αναφέρεται μέχρι την αραβοκρατία, είχε έδρα την Απτέρα και ίσως δεύτερη έδρα το Φοινικιά (δυτικά της Αλμυρίδας), όπου υπάρχουν δυο παλαιοχριστιανικές βασιλικές σε πολύ κοντινή απόσταση. Η επικράτειά της περιελάμβανε την επαρχία του Αποκόρωνα, αλλά δεν αποκλείεται να κατείχε και ένα μέρος της απέναντι πλευράς του κόλπου της Σούδας και να εκτεινόταν η επισκοπή τουλάχιστον στο νότιο Ακρωτήρι, αφού στην Απτέρα ανήκαν και οι δύο πλευρές του Αμφιμήτριου (κόλπος της Σούδας). Η επισκοπή Απτέρας φαίνεται ότι καταργήθηκε, αφού δεν υπήρχε ανάμεσα στις 18 επισκοπές μετά το 961. Ο Αποκόρωνας που ονομαζόταν Ψυχρό, με βάση τη βυζαντινή υποδιαίρεση σε τούρμες (περιοχή με μια πόλη-φρούριο), υπαγόταν σε μια ενότητα μαζί με τις τούρμες Καλαμώνος και Καστελλίου Κάτω Σιβρύτου. Η ίδια διοικητική διαίρεση αποτέλεσε τη βάση της διοικητικής διαίρεσης των Βενετών που αποκαλούσαν τον Αποκόρωνα turma Psicro (1321). Η επισκοπή Καλαμώνος, μαρτυρείται για πρώτη φορά στα τέλη του 11ο αι., με ασαφή έδρα την Επισκοπή Ρεθύμνου, κοντά στα όρια του Αποκόρωνα. Πριν από το 1196 το μετόχι της Πάτμου στο Στύλο παραχωρήθηκε από τον αυτοκράτορα Ισαάκιο Γ΄ Άγγελο (1185-1195), στον επίσκοπο Καλαμώνος, ο οποίος ανήγειρε το ναό του Αγίου Νικολάου και εγκατέστησε 4-5 μοναχούς. Το 1401 ο λατίνος επίσκοπος Καλαμώνος Anthonio de Ballancinis, γράφει ότι ο Στύλος ανήκει στην επισκοπή του και ζητά να δοθεί στην ιδιοκτησία του, άρα τουλάχιστον ένα μέρος του Αποκόρωνα ανήκε στην επισκοπή Καλαμώνος. Αργότερα τον 15ο αι., ο Καλαμώνος μετέφερε την έδρα του στο Ρέθυμνο, παρέμεινε για ένα διάστημα με την ονομασία «Καλαμώνος», ώσπου ονομάστηκε «Ρεθύμνης». Πότε εντάχθηκε ο Αποκόρωνας στην επισκοπή Κυδωνίας, είναι άγνωστο, ίσως κατά το 15ο αι.
Ε. Βενετοκρατία
Μετά το 1204 μεγάλο μέρος της Κρήτης καταλήφθηκε από τους Γενουάτες και το 1211 οι Βενετοί κατέλαβαν οριστικά το νησί. Η ξένη παρουσία διήρκεσε 465 χρόνια και αντιμετώπισε 27 επαναστάσεις και αναρίθμητες ανταρσίες. Οι Βενετοί διαμοίρασαν τα κτήματα των επαναστατών στο κράτος, στην Καθολική Εκκλησία και στους έποικους. Στην Κρήτη εγκαταστάθηκαν βενετοί υπάλληλοι, στρατιωτικοί, ιερωμένοι και τυχοδιώκτες, χιλιάδες μισθοφόροι Αλβανοί, Δαλματοί κλπ.
Οι κατακτητές προσπάθησαν, ανεπιτυχώς, να ξεριζώσουν την Ορθόδοξη Εκκλησία. Μετέτρεψαν ριζικά την εκκλησιαστική κατάσταση, κατάργησαν εντελώς τη Μητρόπολη και τις Ορθόδοξες επισκοπές, απομάκρυναν τους Ορθόδοξους αρχιερείς, ονόμασαν την Εκκλησία Κρήτης Αρχιεπισκοπή, κατά τα λατινικά πρότυπα, και εγκατέστησαν λατίνο αρχιεπίσκοπο και λατίνους επισκόπους. Άφησαν τη διαίρεση, τις έδρες και τα ονόματα των επισκοπών, αλλά τις παρέδωσαν μαζί με την εκκλησιαστική περιουσία, τις εκκλησίες και τα οικήματα στους λατίνους επισκόπους. Επειδή οι επισκοπές ήταν έξω από τις πόλεις και οι επίσκοποι ήταν χωρίς ποίμνιο, συχνά οι εγκαταλειμμένες επισκοπές συγχωνεύονταν. Στα ενετικά έγγραφα αναφέρονται δέκα επισκοπές, ανάμεσά τους και η επισκοπή Αγυιάς ή Κυδωνίας (Agia), που είχε έδρα στην Αγυιά, όπου υπήρχε μεγάλος Ορθόδοξος ναός και έπαυλη του επισκόπου. Ο λατίνος επίσκοπος κατάργησε το όνομα «Κυδωνίας» και ονομάστηκε «Agiensis». Το 1252 όταν κτίσθηκαν τα Χανιά μεταφέρθηκε στα Χανιά, στην αρχαία έδρα της επισκοπής. Από το 1336 αναφέρεται «episcopaus Agiensis de la Canea» και από το 1418 αναφέρεται «episcopatus Agiensis civitatis Canee».
Το 1204 τρεις επισκοπές χήρευαν και από τους υπόλοιπους εννιά επισκόπους οι τρεις πέθαναν σε σύντομο διάστημα. Ο Ορθόδοξος Αρχιεπίσκοπος Νικόλαος εκδιώχθηκε ή κατέφυγε στη Νίκαια της Βιθυνίας και μαζί του οι επίσκοποι Πέτρας Γρηγόριος και Αρκαδίας Ιωάννης. Παρέμειναν στις επισκοπές τους οι επίσκοποι Χερρονήσου, Αγρίου και ο Κνωσού Παύλος, από τους οποίους το 1224 ζούσαν μόνο δύο και συντηρούνταν από ελεημοσύνες. Στη θέση των Ορθόδοξων επισκόπων, προϊστάμενοι του κλήρου τοποθετήθηκαν οι πρωτοπαπάδες, που ήταν Ορθόδοξοι ιερείς ή ελληνοκαθολικοί, ελεγχόμενοι και μισθοδοτούμενοι από την διοίκηση, οι οποίοι όμως δεν αναγνωρίζονταν από το Πατριαρχείο.
Οι λατίνοι επίσκοποι, ζούσαν στις πόλεις ή μίσθωναν τα κτήματα των επισκοπών τους και έφευγαν για να ζήσουν εκτός Κρήτης σε ανετότερα μέρη. Οι περισσότεροι λατίνoι κληρικοί είχαν άθλια μόρφωση, ήταν άξεστοι, ανήθικοι και διεφθαρμένοι. Έτσι δεν μπορούσαν να επιδράσουν στο θρησκευτικό αίσθημα των λαϊκών. Σταδιακά η θέση τους χειροτέρευε, αφού οι Βενετοί άποικοι λιγόστευαν και δεν μπορούσαν να τους συντηρήσουν. Η λατρεία είχε εγκαταλειφθεί, οι χιλιάδες ναοί, ακόμη και οι καθεδρικοί πολλών επισκοπών, ήταν ακάθαρτοι και σε οικτρή κατάσταση. Όταν ο λατίνος επίσκοπος Χανίων Τζιάν Αλβέρτος Γαρζώνης επιχείρησε το 1615/6 την αναμόρφωση της λατινικής επισκοπής, των μονών και των εισοδημάτων, βρέθηκε σε τέτοια ηθική και οικονομική κατάσταση που έφυγε εσπευσμένα.
Τα πολλά και πλούσια λατινικά μοναστήρια ήταν καταφύγια αμόρφωτων και πανούργων κληρικών, με χαμηλό ηθικό. Οι μοναχοί ήταν απείθαρχοι, δεισιδαίμονες και αμαθείς. Διαχειρίζονταν τα μοναστήρια τους, τα οποία λαφυραγωγούσαν ο αρχιεπίσκοπος, οι άρχοντες και οι αρχηγοί των μοναχικών ταγμάτων. Οι Βενετοί ευνόησαν τον προσηλυτισμό στην αρχή, προστάτευσαν τους δυτικούς ιερείς και ανέχτηκαν τα μοναχικά τάγματα. Οι περισσότεροι Βενετοί ζούσαν στις πόλεις και λίγοι ήταν διασπαρμένοι σε χωριά και μετόχια, ανάμεσα σε Ορθόδοξους, χωρίς ναούς και ιερείς. Ζούσαν χωρίς θρησκεία ή εξυπηρετούνταν με το Ορθόδοξο δόγμα το οποίο τελικά ασπάστηκαν πολλοί.
Οι Ορθόδοξοι κληρικοί χειροτονούνταν στην αρχή της βενετοκρατίας χωρίς έλεγχο, πολλοί ζούσαν επιλήψιμο βίο, ήταν αμαθείς και κακοήθεις, καλλιεργούσαν την δεισιδαιμονία και εκμεταλλεύονταν την αμάθεια του λαού. Την περίοδο 1220-1350, για να χειροτονηθεί κληρικός κάποιος Κρητικός έπρεπε να πάρει άδεια από τις βενετικές αρχές και να μεταβεί εκτός Κρήτης (Μονεμβασιά, Κύθηρα, Μεθώνη, Κορώνη, Κόρινθο, Ζάκυνθο, Κεφαλλονιά, Άθω, Κάρπαθο, Μικρά Ασία), ή να περιμένει την άφιξη στην Κρήτη κάποιου Ορθόδοξου επισκόπου. Στην Κρήτη έρχονταν επίσκοποι περαστικοί, επισκέπτες, σχολάζοντες ή έξαρχοι σταλμένοι από τα Ορθόδοξα Πατριαρχεία, σε συνεννόηση ή όχι με τις βενετικές αρχές, οι οποίοι προέβαιναν σε αθρόες χειροτονίες ιερέων και εξυπηρετούσαν τον πληθυσμό. Η Βενετική Γερουσία το 1360, θέσπισε όρους για τη χειροτονία κληρικών, για να ελέγξει την αύξηση του αριθμού των Ορθόδοξων ιερέων. Στο τέλος της βενετοκρατίας το μοναδικό προσόν που απαιτούσαν οι βενετικές αρχές για την άδεια χειροτονίας ήταν να γνωρίζει ο υποψήφιος κληρικός ανάγνωση και γραφή.
Η αύξηση των κληρικών στην Κρήτη κατά το δεύτερο μισό του 15ου αιώνα, οφείλεται στην απόφαση των βενετικών αρχών να εργάζονται αμισθί Κρήτες στην κατασκευή δημοσίων έργων, όπως λιμανιών, οχυρών, γεφυρών, πύργων, και οι μόνοι που εξαιρέθηκαν από αυτήν την υποχρέωση ήταν οι κληρικοί. Ακόμη κληρικοί και μοναχοί απαλλάσσονταν από τη στρατολόγηση. Πολλοί εισέρχονταν στον κλήρο υπολογιστικά και γι’ αυτό οι κληρικοί αυξήθηκαν εντυπωσιακά. Αναφέρεται ότι το 1400 υπήρχαν στην Κρήτη περίπου 20.000 κληρικοί, το 1576 στα Χανιά υπήρχαν 25 ιερείς, ενώ σε χωριά που αρκούσαν δύο υπήρχαν 15-20. Συχνά υποκινούσαν το λαό και συμμετείχαν σε επαναστάσεις. Την περίοδο της Βενετοκρατίας 74 κληρικοί αποκεφαλίστηκαν, απαγχονίστηκαν, πέθαναν με βασανιστήρια ή στα κάτεργα. Πάνω από 500 εξοστρακίστηκαν και πέθαναν στην εξορία και πολλοί, άγνωστοι στον αριθμό και το όνομα, με υπόδειξη των λατίνων επισκόπων καθαιρέθηκαν, ξυρίστηκαν, ακρωτηριάστηκαν, στερήθηκαν την ιερωσύνη και καταδικάστηκαν σε ισόβια κωπηλασία. Μετά το 1453 οι Βενετοί τιμώρησαν και απέλασαν ταραχοποιούς κληρικούς σε Χανιά και Ρέθυμνο, τον 16ο αι. εξαπέλυσαν διωγμό εναντίον των κληρικών που ονομάσθηκε «παπαδοκύνηγον», αλλά γρήγορα για να εξασφαλίσουν την υποστήριξη των ντόπιων σε πιθανή τουρκική επίθεση, έδωσαν ελευθερίες και διακήρυξαν την αξία της ελληνικής θρησκείας.
Στην αρχή τουλάχιστον οι Βενετοί άρπαξαν τις περιουσίες των μονών και τις κατέστρεψαν. Αργότερα οι Ορθόδοξες μονές κατείχαν μεγάλες περιουσίες, αλλά διοικούνταν από αγράμματους ηγουμένους. Επειδή η είσοδος στις μονές εξασφάλιζε την επιβίωση και την απαλλαγή από τις αγγαρείες, πλήθος μοναχοί ζούσαν σ’ αυτές, ενώ πολλοί ιερομόναχοι κατοικούσαν στις πόλεις, διατηρούσαν ενορίες, υπεισέρχονταν σε κοσμικά ζητήματα και ζούσαν βίο επιλήψιμο.
Παρά την πνευματική και ηθική κατάπτωση, ο λαός παρέμενε φανατικά προσηλωμένος στην Ορθοδοξία και αντιστάθηκε στις καταθλιπτικές πιέσεις, χωρίς επισκόπους. Διατήρησε την πατρογονική πίστη του, όπως φαίνεται από τους ναούς που κτίσθηκαν, από τη συρροή σε εορτές και τελετές, και από τις αφιερώσεις περιουσιών σε ναούς και μοναστήρια. Στην εκκλησία πήγαιναν λίγοι χωρικοί, ελάχιστοι εξομολογούνταν, πολλοί δεν ήξεραν να κάμουν το σημείο του σταυρού και ελάχιστοι ήξεραν να απαγγείλουν προσευχή. Ο λαός ήταν βουτηγμένος στην αθλιότητα, την αμάθεια και τις δεισιδαιμονίες, πίστευε στις κατάρες και υφίστατο καταπιέσεις και τοκογλυφία. Θεωρήθηκαν ως φυσικές οι αιμομιξίες, οι διγαμίες, τα παράνομα διαζύγια και γι’ αυτό τα θεμέλια της οικογένειας διασαλεύτηκαν.
Η επαφή του κλήρου με τα Πατριαρχεία, το Σινά και την Πάτμο, συντέλεσε στην προσήλωση στην Ορθοδοξία, απέτρεψε την αφομοίωση των Κρητών από τη λατινική πίστη και διαφύλαξε τη θρησκευτική και την εθνική ενότητα του νησιού. Το Οικουμενικό Πατριαρχείο φρόντιζε να διατηρεί τον τίτλο του Ορθόδοξου Προκαθημένου της κρητικής Εκκλησίας, εκλέγοντας μητροπολίτες ή απονέμοντας τον τίτλο του «Προέδρου Κρήτης» σε ιεράρχες εκτός Κρήτης, συνήθως κρητικής καταγωγής, ή έστελνε δραστήριους θεολόγους και κήρυκες ή σε περιόδους επαναστάσεων έστελνε Έλληνες τιτουλάριους επισκόπους. Χαρακτηριστική είναι η αποστολή του κρητικής καταγωγής Μητροπολίτη Αθηνών Άνθιμου, που στάλθηκε στην Κρήτη, αφού έλαβε τον τίτλο «Πρόεδρος Κρήτης» αψηφώντας τους κινδύνους, με σκοπό να προβεί στην αναδιοργάνωση της Εκκλησίας Κρήτης. Συνελήφθη από τις βενετικές αρχές με τις κατηγορίες ότι παρακινούσε τους Κρήτες να αντισταθούν στις δυνάμεις κατοχής και να απέχουν από την κοινωνία με τους Λατίνους. Φυλακίσθηκε το 1366 και πέθανε μετά από τρία χρόνια καταπονημένος από τις κακουχίες. Μάλιστα οι Βενετοί απαγόρευσαν την ταφή του με αποτέλεσμα να ταφεί στην άμμο.
Το 1400 περίπου ήρθε στην Κρήτη ο λόγιος μοναχός Ιωσήφ Βρυέννιος και το 1601 εγκαταστάθηκε στην Κυδωνία και έδρασε παράνομα ο επίσκοπος Πορφύριος. Μετά το 1453 και από τα μέσα του 16ου αι. κατέφυγαν στην Κρήτη πολλοί μορφωμένοι κληρικοί που συνέβαλαν στην ανύψωση του επιπέδου του κλήρου και την προσήλωση στην ορθοδοξία.
Βέβαια οι «φωτισμένοι» αποικιοκράτες, επί 450 χρόνια, δεν δημιούργησαν ούτε ένα εκπαιδευτικό ίδρυμα. Τα μοναστήρια έγιναν κέντρα παιδείας, και εκεί αντιγράφηκαν χειρόγραφα και ιδρύθηκαν βιβλιοθήκες. Η συσπείρωση γύρω από λόγιους κληρικούς και οι θρησκευτικές ελευθερίες, που παραχώρησαν οι Βενετοί από τα μέσα του 16ου αι., βοήθησαν στην ανάπτυξη του μοναχισμού και την αύξηση των μονών. Το 1632 υπήρχαν στην Κρήτη 376 μοναστήρια με 4 χιλιάδες μοναχούς και 5 χιλιάδες εκκλησίες, από τις οποίες 33 ήταν στην πόλη των Χανίων.
Παρόλο που οι μορφωμένοι και ενάρετοι μοναχοί ήταν λίγοι, και όλοι σχεδόν οι σπουδαίοι Κρήτες του 16ου και 17ου αι. υπηρέτησαν εκτός Κρήτης, όμως με επιστολές διαπαιδαγώγησαν κλήρο και λαό. Κληρικοί ξακουστοί είναι: ο ιερομόναχος Μελέτιος Βλαστός, ο Μελέτιος Πηγάς Πατριάρχης Αλεξανδρείας, ο Μάξιμος Μαργούνιος επίσκοπος Κυθήρων, οι Κύριλλος Λούκαρις και Αθανάσιος Πατελάρος Οικουμενικοί Πατριάρχες, ο Γεράσιμος Βλάχος Αρχιεπίσκοπος Φιλαδελφείας της Βενετίας, οι λόγιοι ιερομόναχοι Μελέτιος Χορτάτζης και Μελέτιος Συρίγος, ο Γαβριήλ Παντογάλος ηγούμενος Ακρωτηριανής, ο Μελέτιος Παντογάλος Μητροπολίτης Εφέσου, ο Γεράσιμος Παλαιόκαπας ουνίτης επίσκοπος Κισάμου, ο Νεκτάριος Πατριάρχης Ιεροσολύμων, κλπ.
Οι ντόπιοι Ορθόδοξοι άρχοντες διέσωσαν στα εξοχικά τους μικρούς ναούς, εικονογραφημένους και με επιγραφές. Μοναχοί και άρχοντες έκτισαν μεγάλες μονές μετά το 15ο αι. Οικοδομές, επιγραφές και κανονισμοί μονών δείχνουν υπερίσχυση της Ορθοδοξίας. Η αναβίωση του μοναχισμού, η αφιέρωση περιουσιών στις μονές και η άρση των εμποδίων προς την Ορθόδοξη εκκλησία συντέλεσαν στην ίδρυση μονών.
Όταν προσέγγισε το Βενετικό με το Κρητικό στοιχείο, άρχισε η πολιτιστική ανάπτυξη της Κρήτης που κορυφώθηκε με την Κρητική Αναγέννηση. Προσωπικότητες όπως ο μητροπολίτης Φιλαδελφείας της Βενετίας Γαβριήλ Σεβήρος, οι αδελφοί Ιερεμίας και Λαυρέντιος Τζαγκαρόλοι, ο Ιωάννης Χαρτοφύλακας, ο Μητροφάνης Φασιδώνης κ.ά. έτυχαν αναγνώρισης και σεβασμού από Ορθόδοξους και Βενετούς.
ΣΤ. Τουρκοκρατία
Τον Ιούνιο του 1645 πολυάριθμα πλοία αποβίβασαν 50.000 Τούρκους στρατιώτες στην Κίσαμο, κυρίευσαν το νησί Άγιοι Θεόδωροι (Θοδωρού) και λεηλατώντας έφτασαν στα Χανιά. Η πόλη παραδόθηκε μετά από 57 μέρες πολιορκίας στις 22 Αυγούστου. Στις 3 Νοεμβρίου 1646 έπεσε το Ρέθυμνο και την 1η Μαΐου 1648 ξεκίνησε η πολιορκία του Χάνδακα που διήρκησε 21 χρόνια. Στις 4 Οκτωβρίου 1669 εισήλθαν οι Τούρκοι στον έρημο Χάνδακα. Σκοτώθηκαν 100 χιλιάδες χριστιανοί και πάνω από 118 χιλιάδες μουσουλμάνοι, ενώ από τα Χανιά και το Ρέθυμνο 12 χιλιάδες αιχμάλωτοι πουλήθηκαν ως δούλοι.
Οι κατακτητές δήμευσαν τα δημόσια κτίρια και μετέτρεψαν τις εκκλησίες, ορθόδοξες και λατινικές, σε τζαμιά. Κατέσχεσαν εκατοντάδες μοναστήρια, κατεδάφισαν εκκλησίες, απαγόρεψαν τις καμπάνες και την επισκευή ή ανέγερση ναών. Δήμευσαν όλη την εύφορη γη, αφήνοντας στους χριστιανούς τις άγονες και ορεινές περιοχές. Άρπαζαν τις γυναίκες και τα παιδιά των χριστιανών με αποτέλεσμα το παιδομάζωμα να στοιχίσει 15 χιλιάδες παιδιά από 8-13 ετών, που στάλθηκαν στα τάγματα των γενιτσάρων, αποκτηνώθηκαν, ξέχασαν γονείς, πατρίδα και πίστη. Επέβαλαν ποικίλους φόρους, βασανιστήρια, καταπιέσεις, αναίτιους φόνους, αγγαρείες και δημεύσεις περιουσιών. Μια μεγάλη μερίδα χριστιανών εξισλαμίσθηκαν, μια άλλη ομάδα, οι «κρυπτοχριστιανοί», προσποιούνταν τους μουσουλμάνους και διέσωσαν την προγονική πίστη μέσα στην οικογένειά τους και άλλοι προσχώρησαν σταδιακά στο Ισλάμ. Όσοι αρνούνταν τον εξισλαμισμό θανατώνονταν (νεομάρτυρες). Κυρίως οι φτωχοί Κρήτες αγρότες, στην πλειοψηφία τους γνήσιοι Έλληνες, έμειναν προσηλωμένοι στην Ορθόδοξη πίστη. Η Κρήτη υπέφερε φρικτά περισσότερο από οποιαδήποτε άλλη περιοχή της Οθωμανικής αυτοκρατορίας. Ολόκληρα ηγουμενοσυμβούλια αφανίστηκαν όταν αρνήθηκαν τις απαιτήσεις των γενιτσάρων. Η δράση των χαΐνηδων μόνο περιστασιακά ωφέλησε και οι υποκινήσεις των Ρώσων (1711, 1730, 1741, 1762 και 1768) οδήγησαν σε σκληρότερα μέτρα.
Η εγκατάσταση γενιτσάρων τον 18ο αι. στην δυτική Κρήτη συντέλεσε στη μαύρη περίοδο 1715-1770 και γι’ αυτό το 1812 η Πύλη εξολόθρευσε μια μερίδα γενιτσάρων, οι υπόλοιποι όμως συνέχισαν να οργιάζουν, με εγκλήματα και πιέσεις. Η μόνη εξέγερση ήταν η επανάσταση του Δασκαλογιάννη το 1770. Οι Τούρκοι όμως εισέβαλαν στα Σφακιά, πυρπόλησαν, έσφαξαν, αιχμαλώτισαν και ερήμωσαν την επαρχία.
Το 1645 το Πατριαρχείο, με εισήγηση του μεγάλου διερμηνέα Παναγιώτη Νικούσιου, χειροτόνησε μητροπολίτη Κρήτης το Νεόφυτο Πατελλάρο. Ο Νεόφυτος έμενε στην Κωνσταντινούπολη, ήταν αδελφός της μονής Αρκαδίου και συγγενής του τότε Πατριάρχη Αθανασίου Γ΄. Ακολούθησε στην εκστρατεία κατά της Κρήτης τον Τούρκο αρχιστράτηγο Σιλιχτάρ Γιουσούφ πασά και εγκαθιδρύθηκε με βεράτιο. Ο νέος μητροπολίτης δεν έδρευε στο Χάνδακα μέχρι το 1669, αλλά δεν γνωρίζουμε ποιες και πόσες επισκοπές ανασύστησε και πόσους επισκόπους εγκαθίδρυσε το Πατριαρχείο. Πριν από την ανασύσταση της Μητροπόλεως οι πραγματικές επισκοπές ήταν τέσσερις: Ηρακλείου, Ρεθύμνης, Χανίων και Σητείας. Συστηματική οργάνωση της εκκλησίας Κρήτης και ανασύσταση των επισκοπών με εγκαθίδρυση επισκόπων έγινε μετά το 1669.
Οι Τούρκοι έδιωξαν τους λατίνους ιερωμένους και κατέσχεσαν τη λατινική εκκλησιαστική περιουσία. Αποκαταστάθηκε έτσι η εκκλησιαστική τάξη του νησιού. Ωστόσο η παραχώρηση αυτή, που ήταν σύμφωνη με την πάγια πολιτική της Οθωμανικής αυτοκρατορίας, αποσκοπούσε στην ευκολότερη και αμεσότερη υποταγή των ραγιάδων. Η εκκλησία ανέλαβε τα προνόμια (γάμοι, διαζύγια, δίκες), απέκτησε νομική υπόσταση και οικονομική δύναμη με φορολογικές απαλλαγές, έκδοση φετφάδων και βερατίων. Πρόσφερε σπουδαίες υπηρεσίες στους υπόδουλους και απέτρεψε τον ολικό εξισλαμισμό της Κρήτης. Οι περισσότεροι αρχιερείς που υπηρέτησαν στην Κρήτη την περίοδο της τουρκοκρατίας δεν ήταν μορφωμένοι, ήταν όμως ευσεβείς, θαρραλέοι, άξιοι καθοδηγητές, εφευρετικοί στις απαιτήσεις των Τούρκων, ένθερμοι οπαδοί της παιδείας και είχαν συναίσθηση της εθνικής αποστολής τους.
Οι κληρικοί πλήρωναν φόρους σε χρήματα, αγαθά και δώρα. Ζούσαν από την εργασία τους και από τις προσφορές των χριστιανών. Ήταν ολιγογράμματοι, ζούσαν υποδειγματική οικογενειακή ζωή, διακρίνονταν για την καθαρότητα του βίου, την ευσέβεια και τον σεβασμό στην εκκλησία μέχρι φανατισμού. Ο απλός παπάς ήταν ο σημαντικότερος σύμβουλος και συμπαραστάτης των χωρικών, ηγέτης της ενορίας του, συμμετείχε συνήθως ενεργά στις εξεγέρσεις και συχνά ήταν το πρώτο θύμα της μανίας και της εκδικητικότητας του κατακτητή.
Η αρχαιότερη πληροφορία για την ύπαρξη επισκόπων στην τουρκοκρατούμενη Κρήτη βρίσκεται σε χειρόγραφο του 1659. Στη διάρκεια της τουρκοκρατίας οι επισκοπές ήταν δώδεκα και διατηρούσαν τα ιστορικά τους ονόματα: Γορτύνης, Κνωσού, Αρκαδίας, Χερρονήσου, Αυλοποτάμου, Αγρίου (Ρεθύμνης), Λάμπης, Κυδωνίας, Ιεράς, Πέτρας, Σητείας και Κισάμου. Ο αριθμός των επισκόπων κυμαινόταν από 10-12, ενώ λίγο πριν από το 1821 αναφέρεται και βοηθός του μητροπολίτη Κρήτης. Ο Ορθόδοξος επίσκοπος που εγκαταστάθηκε στα Χανιά υπό τον τίτλο Κυδωνίας ήταν τέταρτος στην τάξη μεταξύ των 12 επισκόπων της Κρήτης. Η επισκοπή περιλάμβανε την Κυδωνία και τον Αποκόρωνα, και από τότε αναφέρεται σχεδόν συνέχεια επίσκοπος Κυδωνίας μέχρι το 1822.
Οι Τούρκοι ευνόησαν την ανάπτυξη των ισχυρών μοναστηριών και όσα απέμειναν απέκτησαν αξιόλογες περιουσίες. Έτσι είχαν την δυνατότητα να θρέψουν μοναχούς, συγγενείς τους, οικογένειες εργατών και φτωχών, αλλά να ικανοποιήσουν και τις ακόρεστες απαιτήσεις των αγάδων και των γενιτσάρων. Ανασυγκροτήθηκαν οικονομικά, έγιναν Ορθόδοξα κέντρα και κατόρθωσαν να ασκήσουν τον πνευματικό προορισμό τους. Οι κατακτητές έκλεισαν τα σχολεία και έδιωξαν τους δασκάλους, τα μοναστήρια όμως συντήρησαν σχολεία, οργάνωσαν βιβλιοθήκες και προμηθεύονταν βιβλία από τη Βενετία. Οι μοναχοί έγιναν οι δάσκαλοι και συνέβαλαν την κατάρτιση των στελεχών της εκκλησίας (ιερέων, αναγνωστών, ψαλτών κλπ.). Όσοι χριστιανοί νέοι κατέφευγαν στις μονές διδάσκονταν από τα λειτουργικά βιβλία ή τα κείμενα των πατέρων και των αρχαίων Ελλήνων. Όσα σχολεία λειτούργησαν με την ανοχή του κατακτητή από τις αρχές του 19ου αι. χρηματοδοτήθηκαν από τα μοναστήρια. Έτσι η παιδεία έγινε η αιτία των επαναστάσεων της Κρήτης και κατάφερε το τελικό πλήγμα στον δυνάστη. Το Οικουμενικό Πατριαρχείο με την ανακήρυξη πολλών μοναστηριών σε σταυροπήγια τα προστάτευσε και ενίσχυσε τον μοναχικό βίο, την ευσέβεια και την παιδεία.
Ήδη, από το 1654 ο Νεόφυτος Πατελλάρος, παραχώρησε στο Οικουμενικό Πατριαρχείο έξι από τα πλουσιότερα κρητικά μοναστήρια και έξι χωριά ως εξαρχία. Ανάμεσά τους ήταν η Αγία Τριάδα των Τζαγκαρόλων, η Κυρία των Αγγέλων Γδερνέτο και η Χρυσοπηγή με τα μετόχια τους. Τα χωριά των Χανίων τα οποία μεταβιβάσθηκαν στην δικαιοδοσία του Πατριαρχείου είναι το Βαρούσι Κυδωνίας με τον Άγιο Σπυρίδωνα, ο Γαλατάς Κυδωνίας με τον ναό του Αγίου Γεωργίου, ο οποίος ήταν μετόχι του Γδερνέτου και ο Στύλος Αποκορώνου, ο οποίος σε σύντομο χρονικό διάστημα, αντικαταστάθηκε από τα Νεροκούρου με τον ναό του Αγίου Γεωργίου (Μορμόρη) μετόχι του Γδερνέτου. Το 1681, προσέλαβε πατριαρχικό και σταυροπηγιακό και η Μονή του αγίου Ελευθερίου Μουρνιών. Αρκετές φορές με πατριαρχικές αποφάσεις η ιδιότητά τους επιβεβαιώθηκε ή μετέπεσαν σε ενοριακά ή επανήλθαν σε σταυροπήγια.
Συχνά βέβαια οι Τούρκοι με επιδρομές, ιδίως σε περιόδους επαναστάσεων, πυρπολούσαν μονές και ναούς, και έσφαζαν μοναχούς. Στις πόλεις οι Τούρκοι για τις λειτουργικές ανάγκες των ορθοδόξων παραχώρησαν μικρούς και ασήμαντους ναούς. Στα Χανιά λειτουργούσαν οι Άγιοι Ανάργυροι και έξω από την πόλη ο Άγιος Ιωάννης του Ταβλά (παλιός άγιος Ιωάννης), ο Άγιος Λουκάς (νεκροταφείο) και ο Άγιος Παντελεήμονας Χαλέπας (μετόχι της Αγίας Τριάδος).
Ζ. Επανάσταση του 1821
Αν και η Φιλική Εταιρεία δεν ενδιαφέρθηκε να μυήσει την Κρήτη, τις παραμονές του ’21 αρκετοί αρχιερείς, ιερείς και μοναχοί είχαν μυηθεί, όπως ο μητροπολίτης Γεράσιμος, οι επίσκοποι Κισάμου Μελχισεδέκ, Κυδωνίας Καλλίνικος, ο ηγούμενος Πρέβελη Μελχισεδέκ Τσουδερός, κ.ά. Κληρικοί μυημένοι είχαν σταλεί σε επίκαιρες θέσεις, όπως ο Καλλίνικος Κριτοβουλίδης, ο Ζαχαρίας Τσιριγώτης ή Πρακτικίδης, ο Καλλίνικος Βερροιαίος κ.ά. Έτσι από την αρχή της επανάστασης πλήθος κληρικών έλαβαν μέρος στον αγώνα. Αρκετοί κατέλαβαν πολιτικά αξιώματα και ηγετικές θέσεις και άλλοι πολέμησαν στα πεδία των μαχών. Κάποιοι μάλιστα, επειδή η συμμετοχή ένοπλων κληρικών στον πόλεμο εθεωρείτο αδίκημα και παράβαση των κανόνων της εκκλησίας, αποσχηματίσθηκαν εκούσια για να υπηρετήσουν τα ιδανικά της πατρίδας και της ελευθερίας. Οι καταγόμενοι από τον Αποκόρωνα Γρηγόριος Δαμινός και Κωνσταντίνος Ντουνάκης ή Ντουνόπαπας που απαγχονίστηκε στις αρχές του 1827, έγιναν πρότυπα απαράμιλλου θάρρους και διακρίθηκαν στις πολεμικές επιχειρήσεις.
Στη μεγάλη εθνική επανάσταση του ‘21 οι Τούρκοι στα Χανιά συνέλαβαν τους επισκόπους Κισάμου Μελχισεδέκ Δεσποτάκη και Κυδωνίας Καλλίνικο Σαρπάκη, τον ιεροδιάκονο Αρτέμιο, τον ιεροδιάκονο δάσκαλο Καλλίνικο Βερροιαίο, τους ηγουμένους του Γουβερνέτου Αμβρόσιο Βεντουράκη και της Γωνιάς Γαβριήλ, πολλούς κληρικούς και επιφανείς χριστιανούς των Χανίων και τους οδήγησαν στη φυλακή γυμνούς και ξυπόλυτους. Την ημέρα της Αναλήψεως (19/5), έσυραν βίαια χλευάζοντας και χτυπώντας τον επίσκοπο Μελχισεδέκ και τον ιεροδιάκονο Καλλίνικο και τους απαγχόνισαν στην πλατεία της Σπλάντζιας. Στη συνέχεια επιτέθηκαν στο Ακρωτήρι λεηλάτησαν και έκαψαν τις Κορακιές, την Αγία Τριάδα και το Γουβερνέτο και έσφαξαν επτά μοναχούς του Γουβερνέτου.
Στις 24 Ιουνίου 1821, οι εξαγριωμένοι Τούρκοι στο Ηράκλειο κατέσφαξαν τον μητροπολίτη Κρήτης Γεράσιμο Παρδάλη και τους επισκόπους Κνωσού Νεόφυτο, Χερρονήσου Ιωακείμ, Σητείας Ζαχαρία και τον τιτουλάριο επίσκοπο Διοπόλεως Καλλίνικο. Σκότωσαν στους γύρω δρόμους 300 χριστιανούς και τον επίσκοπο Λάμπης Ιερόθεο με το διάκονό του. Την επόμενη μέρα σκότωσαν στην Επάνω Φουρνή τον επίσκοπο Πέτρας Ιωακείμ. Στο Ρέθυμνο φυλάκισαν τον επίσκοπο Γεράσιμο Περδικάρη ή Κοντογιαννάκη, τον βασάνιζαν επί ένα χρόνο, ώσπου τον κατακρεούργησαν το Μάιο του 1822. Ο επίσκοπος Κυδωνίας Καλλίνικος Σαρπάκης πέθανε επίσης βασανιζόμενος στις 12-6-1822. Μόνο ο καταγόμενος από τα Χανιά Αρτέμιος Παρδάλης επίσκοπος Ιεράς (1810-1821), απουσίαζε στη Θήρα και γλύτωσε τη σφαγή. Διέφυγε στην Αίγυπτο, το 1827 εξελέγη μητροπολίτης Κεστεντηλίου, και το 1845 εξελέγη πατριάρχης Αλεξανδρείας, δεν αναγνωρίσθηκε από τον αντιβασιλιά της Αιγύπτου, παραιτήθηκε το 1847 και επέστρεψε στη Μητρόπολη Κεστεντηλίου μέχρι τον θάνατό του (1858). Η σφαγή του Ηρακλείου έμεινε στη μνήμη του λαού ως «ο μεγάλος αρπεντές», και η Εκκλησία Κρήτης έμεινε ακέφαλη μέχρι το 1823 όταν χειροτονήθηκε μητροπολίτης Κρήτης ο Καλλίνικος εξ Αγχιάλου (1823-1830).
Η. Από το 1830 μέχρι την αυτονομία της Κρήτης
Το 1831 λόγω της ελάττωσης του πληθυσμού οι επισκοπές της Κρήτης συγχωνεύτηκαν σε πέντε. Η επισκοπή Κυδωνίας συνενώθηκε με την επισκοπή Κισάμου και εξελέγη επίσκοπος, ο πρωτοσύγκελλος Κυδωνίας Αρτέμιος, σε ηλικία τριάντα ετών. Από το 1856 με τη δημοσίευση του Χάττι Χουμαγιούν που έδινε θρησκευτική ανεξαρτησία στους υπηκόους της οθωμανικής αυτοκρατορίας, οι χριστιανοί σ’ όλη την Κρήτη άρχισαν να κτίζουν και να επισκευάζουν εκκλησίες. Επειδή ο ναός των Αγίων Αναργύρων στα Χανιά δεν επαρκούσε για τις ανάγκες των πιστών, οι οποίοι είχαν αυξηθεί σημαντικά, οι χριστιανοί με αναφορά τους το 1856, ζήτησαν τη βοήθεια του Σουλτάνου για την ανέγερση εκκλησίας. Παραχωρήθηκε τότε το σαπωνοποιείο, που ανήκε στον διοικητή Κρήτης Βελή πασά ενώ παλιότερα ήταν εκκλησία αφιερωμένη στην Παναγία. Ο Βελή πασάς συναίνεσε, συνεισέφερε μάλιστα 30.000 και ο σουλτάνος 100 χιλιάδες γρόσια. Πολλοί χριστιανοί προσέφεραν χρήματα ή αγόρασαν υλικά και μετά τον Αύγουστο του 1856 άρχισε την ανοικοδόμηση του ναού. Η Τριμάρτυρη εγκαινιάσθηκε από τον Κάλλιστο πριν το Μάιο του 1858, αλλά η αποπεράτωσή της ολοκληρώθηκε μάλλον το 1864, όπως αναφέρει το επίγραμμα της πρόσοψης και αποτελούσε πλέον τον κεντρικό ναό της επισκοπής. Ο Μισαήλ Μαρμαράκης ή Τσιστράκης ή Ιωαννίδης εξελέγη επίσκοπος Κυδωνίας και Κισάμου τον Ιανουάριο 1859 στο ναό των Αγίων Αναργύρων.
Μετά το 1860 ανασυστήθηκαν οι παλιές επισκοπές της Κρήτης και μαζί τους αποκαταστάθηκε η επισκοπή Κισάμου με την εκλογή του επισκόπου Κισάμου και Σελίνου Γεράσιμου Στρατηγάκη, τον Απρίλιο του 1860. Έτσι η επισκοπή Κυδωνίας επανήλθε στα παλιά όριά της. Το Σεπτέμβριο του 1858 οι οπλαρχηγοί των Χανίων και οι χριστιανικές επιτροπές, ζήτησαν από το διοικητή Σαμή πασά τη σύσταση Δημογεροντίας κι εκείνος δέχτηκε την προσωρινή σύσταση Δημογεροντίας, και το ίδιο έγινε στο Ρέθυμνο και στο Ηράκλειο. Ήδη είχε ξεκινήσει η σύνταξη των Γενικών Κανονισμών οι οποίοι επικυρώθηκαν με βεράτιο το 1860. Ήταν ένα ομοιόμορφο σύστημα διοικήσεως των χριστιανικών κοινοτήτων. Ο εσωτερικός Κανονισμός των Δημογεροντιών της Κρήτης ψηφίστηκε το 1862 και κανόνιζε τις υποχρεώσεις και τη δικαιοδοσία των τριών Δημογεροντιών. Πρόεδροι ήταν ο Μητροπολίτης στο Ηράκλειο και οι επίσκοποι Κυδωνίας και Αποκορώνου στα Χανιά και Ρεθύμνης και Αυλοποτάμου στο Ρέθυμνο. Οι Δημογεροντίες ανέλαβαν τα Ορφανικά Ταμεία, τη διαχείριση των Χριστιανικών Ορφανικών Περιουσιών, την εκδίκαση κληρονομικών, ορφανικών και οικογενειακού δικαίου υποθέσεων των χριστιανών και αρμοδιότητες για θέματα παιδείας και κοινωνικής πρόνοιας, καθώς και τη δίκαιη κατανομή του στρατιωτικού φόρου.
Κατά τη διάρκεια της επανάστασης του 1866 η εκκλησία της Κρήτης υπέστη ανυπολόγιστες καταστροφές. Ιερείς και μοναχοί σκοτώθηκαν πολεμώντας ή εκτελέστηκαν από τους Τούρκους, μοναστήρια πυρπολήθηκαν και περιουσίες καταστράφηκαν, ενώ χιλιάδες ναοί βεβηλώθηκαν ή κατεδαφίστηκαν. Ο επίσκοπος Κυδωνίας Μισαήλ ζούσε σε φρικτή φτώχεια, όπως αναφέρεται σε επιστολή Κρητών προσφύγων από τα Κύθηρα στις 15-2-1867, οι οποίοι ζητούσαν να του σταλεί χρηματικό βοήθημα. Στις 18 Απριλίου 1869 πέθανε ο επίσκοπος Κυδωνίας Μισαήλ και στις 30 Ιουνίου χειροτονήθηκε επίσκοπος Κυδωνίας και Αποκορώνου ο Γαβριήλ Γρηγοράκης.
Το 1880 μετά το θάνατο του Κυδωνίας Γαβριήλ, του Κισάμου Παναρέτου και την παραίτηση του Ρεθύμνης Ιλαρίωνος, εξελέγησαν αντίστοιχα ο Ιερόθεος Μπραουδάκης, ο Παρθένιος Κελαϊδής και ο Διονύσιος Καστρινογιαννάκης. Τις εκλογές αυτές ακολούθησε ένας πόλεμος ψηφισμάτων, ανακοινώσεων, δημοσιευμάτων στις εφημερίδες, αλληλοκατηγοριών, με έξαρση του τοπικισμού, επεμβάσεις κομματικών παραγόντων, προξενικών αρχών και της τουρκικής διοίκησης. Στα Χανιά πρόκριτοι, πληρεξούσιοι, δήμαρχοι, δημογέροντες και λαός συνήλθαν στο ναό των Εισοδίων και απέρριψαν την εκλογή του Ιερόθεου ως επιβαλλόμενη, ενώ το ίδιο έγινε και από τον Αποκόρωνα. Με αντίστοιχα ψηφίσματα η Κίσαμος, το Σέλινο και το Ρέθυμνο απέρριψαν τις εκλογές των νέων επισκόπων. Ο Ιερόθεος, αν και χειροτονήθηκε στις 23-3-1880 Κυδωνίας, παραιτήθηκε και μετατέθηκε το 1882 στην επισκοπή Ρεθύμνης, αφού ο Διονύσιος μετατέθηκε στην επισκοπή Χερρονήσου. Οι διαφωνίες στα Χανιά καθυστέρησαν την πλήρωση της επισκοπής και έφτασαν στο σημείο να εκφραστεί η ευχή να περιοριστούν σε πέντε οι επισκοπές λόγω της δυσκολίας του χριστιανικού πληθυσμού να συντηρεί τους επισκόπους. Τελικά η Γενική Συνέλευση της Κρήτης το 1887 κατάργησε τη φορολόγηση των χριστιανών υπέρ των επισκόπων και ανέγραψε στον Προϋπολογισμό της Κρήτης ετήσια πίστωση για τη μισθοδοσία τους, η οποία καθιερώθηκε και διασφάλισε την αξιοπρεπή συντήρησή τους. Τον Απρίλιο του 1887 μετατέθηκε στα Χανιά ο Αρκαδίας Νικηφόρος Ζαχαριάδης ή Λαδωμένος, και η επισκοπή Κυδωνίας πληρώθηκε μετά από επτά χρόνια χηρείας. Έτσι λύθηκε το λεγόμενο επισκοπικό ζήτημα που ταλάνισε την εκκλησία Κρήτης για επτά χρόνια.
Το 1892 με πρόταση του επισκόπου Κυδωνίας Νικηφόρου, ιδρύθηκε στη μονή Αγίας Τριάδος Ιεροδιδασκαλείο από κληροδότημα του πρώην επισκόπου Κισάμου Γεράσιμου Στρατηγάκη. Σκοπός του ήταν η εκπαίδευση ιερέων και δασκάλων. Η προσφορά του ιεροδιδασκαλείου στην Κρήτη είναι ανεκτίμητη. Το Σεπτέμβριο του 1905 οι σχέσεις του Διευθυντή Χρύσανθου Τσεπετάκη με το Βενιζέλο, οδήγησαν τον πρίγκιπα στην απόφαση να διακόψει τη λειτουργία του, επειδή θεωρήθηκε φυτώριο του βενιζελισμού. Επαναλειτούργησε το 1924 ως Πεντατάξια Ιερατική Σχολή Χανίων. Τo 1930 μεταφέρθηκε στη Χρυσοπηγή αλλά το 1940 διακόπηκε η λειτουργία της λόγω του πολέμου. Επανιδρύθηκε το 1945 ως Επτατάξια Εκκλησιαστική Σχολή, συγχρόνως λειτούργησε Κατώτερο Εκκλησιαστικό Φροντιστήριο και λίγο μετά και Ανώτερο στα οποία φοιτούσαν μέχρι και 300 μαθητές σε κάποιες περιόδους. Από το 1947 μεταφέρθηκε και πάλι στην Αγία Τριάδα, όπου λειτούργησε μέχρι το 1974 όταν μεταφέρθηκε στον Άγιο Ματθαίο.
Τον Ιανουάριο του 1897, όταν οι Τούρκοι πυρπόλησαν τα Χανιά, καταστράφηκαν εντελώς τα νεόκτιστα κτίρια του Παρθεναγωγείου, της Δημογεροντίας και της Επισκοπής. Η Επισκοπή και τα κοινοτικά καταστήματα είχαν θεμελιωθεί στις 11-4-1893, από τον επίσκοπο Νικηφόρο.
Θ. Από το 1900 μέχρι σήμερα
Στις αρχές του 1897 ο αιφνίδιος θάνατος του μητροπολίτη Κρήτης Τιμοθέου προκάλεσε ένα σοβαρό πρόβλημα που ταλάνισε την Κρήτη επί μια τριετία και απασχόλησε την Ελλάδα, το Πατριαρχείο, τις επαναστατικές αρχές, τη νέα πολιτεία και τον λαό. Η κρητική κοινωνία αντέδρασε στην εκλογή του επισκόπου Λάμπης και Σφακίων Ευμενίου ως μητροπολίτη Κρήτης, αφού δεν δεχόταν μητροπολίτη εγκατεστημένο με φιρμάνι. Με αμοιβαίες υποχωρήσεις και εξηγήσεις η αναγνώριση έγινε στις 14-5-1900, και ο Ευμένιος ανέλαβε κανονικά πλέον τα καθήκοντά του. Ωστόσο οι διαφωνίες στη Σύνοδο όπου υπερτερούσαν οι πέντε βενιζελικοί επίσκοποι έναντι των τριών πριγκιπικών συνεχίστηκαν για αρκετά χρόνια.
Στις 20 Δεκεμβρίου 1900 δημοσιεύθηκε ο Ν. 276/1900 της Κρητικής Πολιτείας «Καταστατικὸς Νόμος της εν Κρήτη Ορθοδόξου Εκκλησίας», που καθόριζε την οργάνωση της Εκκλησίας Κρήτης υπό καθεστώς σχετικής εκκλησιαστικής αυτονομίας. Όριζε οκτώ επισκοπές, τις έδρες και τις περιοχές τους, τον τρόπο εκλογής των επισκόπων, τα προσόντα, τη χειροτονία, την εγκαθίδρυση, τα καθήκοντα και τις ευθύνες τους. Επίσης τα θέματα γάμου και διαζυγίου, μοναχών και μονών, ενοριών και εφημερίων.
Επειδή τα περισσότερα μοναστήρια της Κρήτης ήταν σε άθλια κατάσταση, για τη βελτίωση του μοναχισμού ο Νόμος 276, προέβλεπε να παραμείνουν σε κάθε νομό δύο μονές και οι υπόλοιπες να διαλυθούν. Στα Χανιά διατηρούνταν οι μονές Γουβερνέτου και Γωνιάς, οι υπόλοιπες θα διαλύονταν σε έξι μήνες και οι μοναχοί έπρεπε να μετατεθούν στις διατηρούμενες μονές. Φυσικά οι μοναχοί των διαλυτών μονών αντέδρασαν στην απόφαση, κάποιοι προτίμησαν να εκπατρισθούν, η λαϊκή συνείδηση και όσοι σχετίζονταν με τις μονές ή εργάζονταν σ’ αυτές επαναστάτησαν και τελικά οι αποφάσεις για διάλυση των μονών δεν εφαρμόστηκαν. Οι αντιδράσεις και η αναστάτωση που επικράτησε για μια τριετία, οδήγησαν το 1903 στην ανασύσταση των μονών.
Σήμερα η Κρήτη να αριθμεί δώδεκα Πατριαρχικές και Σταυροπηγιακές μονές. Στη μητρόπολη Κυδωνίας και Αποκορώνου Σταυροπηγιακές μονές είναι της Ζωοδόχου Πηγής Χρυσοπηγής, της Κυρίας των Αγγέλων Γουβερνέτου και της Αγίας Τριάδος Τζαγκαρόλων.
Το 2019, το Οικουμενικό Πατριαρχείο εξέλεξε τον Αρχιμανδρίτη Ειρηναίο Βερυκάκη ηγούμενο της μονής Γουβερνέτου, βοηθό επίσκοπο με τον τίτλο της πάλαι ποτέ διαλαμψάσης επισκοπής Ευμενείας και τον Αρχιμανδρίτη Δαμασκηνό Λιονάκη, ηγούμενο της μονής Αγίας Τριάδος Τζαγκαρόλων βοηθό επίσκοπο με τον τίτλο της πάλαι ποτέ διαλαμψάσης επισκοπής Δορυλαίου. Οι εκλογές αυτές διασφαλίζουν την απευθείας αναφορά των ηγουμένων των Πατριαρχικών και Σταυροπηγιακών αυτών μονών στο Οικουμενικό Πατριαρχείο.
Από το 1899 ο Κισάμου Δωρόθεος με υπόμνημά του, υπέβαλε προτάσεις για τη βελτίωση της θέσης του κλήρου. Την εποχή εκείνη αρκετοί ιερείς είχαν φοιτήσει σε ιερατικές σχολές και είχαν τη βασική μόρφωση, κυρίως μοναχοί είχαν σπουδάσει σε θεολογικές σχολές, οι περισσότεροι όμως ήταν ολιγογράμματοι, αλλά ευλαβέστατοι, έχαιραν υπολήψεως και επιβάλλονταν περισσότερο με την ευσέβεια παρά με την ευγλωττία ή τα άλλα προτερήματά τους. Συντηρούνταν από τις προσφορές των χριστιανών και αναγκάζονταν να εργάζονται χειρωνακτικά ή να μετέρχονται άλλα μέσα για να επιβιώσουν. Ο Δωρόθεος θεωρούσε απαραίτητη τη σύνδεση της εκπαίδευσης με την υλική αποκατάσταση του κλήρου, και πρότεινε τη σύσταση Ειδικού Εκκλησιαστικού Ταμείου, αλλά οι προτάσεις του δεν έτυχαν αποδοχής.
Ο Ν. 276/1900 έγινε απόπειρα να τροποποιηθεί με την έκδοση του Ν. 5621/31-8-1932. Η Σύνοδος της Κρήτης πρότεινε τη συγχώνευση και τον περιορισμό των επισκοπών σε 4 ισότιμες μητροπόλεις, μία σε κάθε νομό, με τα ονόματα Μητρόπολις Ηρακλείου, Ρεθύμνης, Χανίων και Νεαπόλεως, με απώτερη πρόβλεψη την υπαγωγή της Εκκλησίας Κρήτης στην Αυτοκέφαλη Εκκλησία της Ελλάδος. Ο νόμος αυτός, δημιούργησε εκκλησιαστική κρίση και οξύτατες αντιθέσεις μεταξύ των αρχιερέων της νήσου. Δεν εφαρμόστηκε ποτέ, αφού προσέκρουσε στην άρνηση του Πατριαρχείου και στη διαφωνία των επισκόπων της Κρήτης για την έκταση των μεταρρυθμίσεων, ώσπου τελικά καταργήθηκε με τον ΑΝ. 25/10/1935.
Το 1936 με ειδική νομοθετική πρόβλεψη, λόγω έλλειψης επισκόπων στην Κρήτη, έγινε συμπλήρωση της Συνόδου της Κρήτης με πέντε εκλογείς αρχιερείς από την Πατριαρχική Σύνοδο και εξελέγησαν και χειροτονήθηκαν στο Ηράκλειο, οι επίσκοποι Ρεθύμνης Αθανάσιος Αποστολάκης, Κυδωνίας Αγαθάγγελος Ξηρουχάκης, Λάμπης Ευμένιος Φανουράκης, Ιεράς Φιλόθεος Μαζοκοπάκης και Κισάμου Χρυσόστομος Αγγελιδάκης. Την περίοδο της γερμανικής κατοχής ο Αγαθάγγελος Κυδωνίας, γνώστης της γερμανικής και της ιταλικής γλώσσας και της ψυχολογίας των κατακτητών, παρείχε ανεκτίμητες υπηρεσίες στο ποίμνιό του.
Με τον Καταστατικό Χάρτη (Ν. 4149/1961) διαμορφώθηκε ένα νομοκανονικό καθεστώς αμεσότερης εξάρτησης από το Οικουμενικό Πατριαρχείο, σε σχέση με τη Σύμβαση του 1900. Με την Πατριαρχική και Συνοδική Πράξη 812/25-9-1962, η οποία κυρώθηκε με το ΝΔ. 4562/1966, μετά από αίτημα της Επαρχιακής Συνόδου Κρήτης, οι επισκοπές της Κρήτης ανυψώθηκαν σε μητροπόλεις και οι επίσκοποι έλαβαν τον τίτλο του μητροπολίτη. Με Πατριαρχική και Συνοδική Πράξη (283/28-2-1967), ο μητροπολίτης Κρήτης μετονομάστηκε σε Αρχιεπίσκοπο. Στις 8-2-1975 τριμελής Πατριαρχική Εξαρχία συμμετείχε στη Σύνοδο Κρήτης και πλήρωσε τις χηρεύουσες μητροπόλεις Κυδωνίας και Αποκορώνου, Κισάμου και Σελίνου και Λάμπης και Σφακίων.
Τέλος στις 7 Νοεμβρίου 2006, μετά την εκλογή του μητροπολίτη Κυδωνίας Ειρηναίου στον αρχιεπισκοπικό θρόνο, η Σύνοδος της Κρήτης εξέλεξε μητροπολίτη Κυδωνίας και Αποκορώνου τον αρχιμανδρίτη Δαμασκηνό Παπαγιαννάκη, ο οποίος μετά από 19 χρόνια ποιμαντορίας απεβίωσε στις 8 Απριλίου 2025.
+ πρωτ. Μιχαήλ Βλαβογιλάκης
θεολόγος – ιστορικός