α) Μέχρι τη βενετοκρατία.
1) Κυδώνιος 343.
2) Σέβων ή Σήβων ή Σίβων 457/8.
3) Νικήτας 691/2 (μετείχε στην Πενθέκτη Οικουμενική Σύνοδο).
4) Μελίτων 787 (μετείχε στην Ζ΄ Οικουμενική Σύνοδο).
5) Πορφύριος, το 1601 εγκαταστάθηκε στην Κυδωνία και έδρασε παράνομα.
6) Επιφάνιος, ίσως Επίσκοπος Απτέρων τον ΣΤ΄ αι.
β) Λατίνοι επίσκοποι Κυδωνίας – Agienses.
1) Μαρίνος Ιερεμίας από τον Αύγουστο 1282.
2) Ματθαίος, συνελήφθη και φυλακίστηκε από τους Σαρακηνούς αλλά επέστρεψε.
3) Ιάκωβος από 24/8/1293, έχασε την έδρα του μετά την επιστροφή του Ματθαίου.
4) Ιάκωβος 1313.
5) Θωμάς στις 12/2/1313 μετατέθηκε από την Ιεράπετρα και τον Ιούνιο 1325 μετατέθηκε πάλι στην Ιεράπετρα.
6) Φραγκίσκος μετατέθηκε από την Ιεράπετρα τον Ιούνιο 1325 αλλά παραιτήθηκε.
7) Φίλιππος 1326-1336 τουλάχιστον.
8) Φραγκίσκος περίπου το 1342.
9) Αντώνιος Α΄ Ντε Ρικάρντο 1343.
10) Ραϋμόνδος 1351.
11) Ριπρανδίνος από Αρίου στην Αγιάς 25/5/1352.
12) Μάρκος από το 1364.
13) Βαρθολομαίος 1368-1389.
14) Μάρκος Κονταρίνης 1389.
15) Κατερίνος Μπάρμπος, φραγκισκανός, 12/10/1390-1395.
16) Ανδρέας Α΄ Μπον 12/4/1396-1406 τουλάχιστον.
17) Παύλος Μπαρότζης, Βενετός, 27/3/1411-1417.
18) Λουκάς Γριμάνης μετατέθηκε από το Ηράκλειο 4/5/1418-1450.
19) Μιχαήλ, δομηνικανός, μετατέθηκε από το Ηράκλειο 1/10/1451-1474.
20) Αντώνιος Β΄ Όρσος, Βενετός 1481-1511.
21) Βαρθολομαίος Μέρδος, βικεντίνος, από 11/10/1511-1513.
22) Φραγκίσκος Ντε Μολεντίνα, φραγκισκανός, από 24/7/1513-1523.
23) Αυγουστίνος Δονάτος, Βενετός, 1524-1531, παραιτήθηκε και τον διαδέχτηκε ο αδελφός του.
24) Φίλιππος Δονάτος, Βενετός, 19/1/1539-1547 τουλάχιστον.
25) Αλοΐσιος Λουδοβίκος Δελφίνος, Βενετός, 26/10/1565-15/12/1587.
26) Δομήνικος Μπολάνης, δομηνικανός, 29/1/1588-11/2/1613 παραιτήθηκε.
27) Ανδρέας Β΄ Κορμπέλλι 1613.
28) Τζιάν Αλβέρτος Γαρζώνης 7/2/1614-17/11/1618.
29) Γεώργιος Περπινιάνης ή Περπιγιανός, Τήνιος, 15/7/1619 –1620.
30) Βερνάρδος Φλόρες, σταυροφόρος, 7/6/1621-26/3/1642 μετατέθηκε.
31) Μιλάνος Μπένζι, Ιταλός, 1642-1645, πέθανε έκπτωτος μετά την πτώση των Χανίων.
32) Ιωάννης Μέτζο 19/11/1657-7/3/1664, τιτουλάριος δεν κατείχε την έδρα του.
γ) Επίσκοποι Κυδωνίας και Αποκορώνου από την Τουρκοκρατία μέχρι σήμερα
- Διονύσιος, αναφέρεται πρώην Κυδωνίας το 1679.
- Καλλίνικος, αναφέρεται πρώην Κυδωνίας το 1684.
- Γεννάδιος, υπάρχει επιστολή του το 1683.
- Αρσένιος, αναφέρεται ως χειροτονηθείς Κυδωνίας, σε διαδοχή του Γενναδίου, αντικαταστάθηκε τον Αύγουστο του 1699, επανήλθε όμως γρήγορα το 1699, ζούσε το 1705,
- Πορφύριος, αντικατέστησε τον Αύγουστο του 1699 τον Αρσένιο, αλλά δεν εγκρίθηκε η πράξη από το πατριαρχείο.
- Εφραίμ, μετά το 1705, αναφέρεται τον Αύγουστο 1706.
- Δανιήλ, Κυδωνίας εξελέγη μητροπολίτης Χίου 1714-21/8/1741.
- Μακάριος ο Ντεπάρης 1714-;
- Ιωάσαφ ο Χίος, αναφέρεται 1777 και 1779.
- Μαρτινιανός, εξελέγη Κυδωνίας από ηγούμενος Ζωοδόχου Πηγής, καθαιρέθηκε το Μάρτιο 1780 και εξορίστηκε στο Άγιο Όρος. Επανήλθε, υπογράφει ως Κυδωνίας τον Ιούλιο του 1781 και το 1783 παραιτήθηκε.
- Γεράσιμος, αρχιδιάκονος του Ιωάσαφ του Χίου, εξελέγη το Μάρτιο 1780, αντικαταστάθηκε το 1781 από το Μαρτινιανό που επανήλθε και μετά την παραίτηση εκείνου το 1783 ανέλαβε και αναφέρεται στις 29-8-1797, πέθανε 30 Ιανουαρίου 1815.
- Ιωάσαφ Παυλάκης, αναφέρεται το 1805.
- Δαμασκηνός, χχ. αναφέρεται στα δίπτυχα Χρυσοπηγής.
- Καλλίνικος Σαρπάκης, από πρωτοσύγκελλος Κυδωνίας εξελέγη επίσκοπος στις 3/4/1815, φυλακίστηκε 15/6/1821 και πέθανε 12/7/1822.
- Αρτέμιος, διάκονος και συγκρατούμενος του Καλλινίκου, από πρωτοσύγκελλος Κυδωνίας εξελέγη επίσκοπος Κυδωνίας και Κισάμου 8/11/1831-1846.
- Κάλλιστος Φυντίκης Ιερομνήμων, εξελέγη από ηγούμενος Αγίου Ελευθερίου στις 22/6/1846 και πέθανε 14/5/1858.
- Μισαήλ Μαρμαράκης ή Τσιστράκης ή Ιωαννίδης, Ιανουάριος 1859-18/4/1869.
- Γαβριήλ Γρηγοράκης 28/6/1869–4/9/1881.
- Ιερόθεος Μπραουδάκης, Δεκέμβριος 1881–1882, δεν ενθρονίστηκε, μετατέθηκε Ρεθύμνης.
- Νικηφόρος Ζαχαριάδης ή Λαδωμένος, από Αρκαδίας μετατέθηκε Κυδωνίας τον Απρίλιο 1887-1912 παραιτήθηκε.
- Αγαθάγγελος Νινολάκης Μάιος 1912-7/6/1935.
- Αγαθάγγελος Ξηρουχάκης 1/3/1936-24/2/1958.
- Νικηφόρος Συτζανάκης 29/3/1959-27/6/1974 παραιτήθηκε.
- Ειρηναίος Αθανασιάδης 23/2/1975-31/8/2006 εξελέγη Αρχιεπίσκοπος Κρήτης.
- Δαμασκηνός Παπαγιαννάκης 17/12/2006-
+ πρωτ. Μιχαήλ Βλαβογιλάκης
θεολόγος – ιστορικός