- Επίσκοποι και Μητροπολίτες Κυδωνίας και Αποκορώνου
α) Μέχρι την τουρκοκρατία
- Κυδώνιος 343.
- Σέβων ή Σήβων ή Σίβων 457/8.
- Επιφάνιος, ίσως Επίσκοπος Απτέρων τον 6ο αι.
- Νικήτας 691/2 (μετείχε στην Πενθέκτη Οικουμενική Σύνοδο).
- Μελίτων 787 (μετείχε στην Ζ΄ Οικουμενική Σύνοδο).
- Πορφύριος, το 1601 εγκαταστάθηκε στην Κυδωνία και έδρασε παράνομα.
β) Λατίνοι επίσκοποι Κυδωνίας – Agienses
1) Μαρίνος Ιερεμίας από Αύγουστο 1282.
2) Ματθαίος, (συνελήφθη και φυλακίσθηκε από τους Σαρακηνούς αλλά επέστρεψε).
3) Ιάκωβος από 24-8-1293 (έχασε την έδρα του μετά την επιστροφή του Ματθαίου).
4) Ιάκωβος 1313.
5) Θωμάς (μετατέθηκε από την Ιεράπετρα 12 Φεβρουαρίου-Ιούνιος 1325), μετατέθηκε.
6) Φραγκίσκος, μετατέθηκε από την Ιεράπετρα τον Ιούνιο 1325, αλλά παραιτήθηκε.
7) Φίλιππος, 1326-1336 τουλάχιστον.
8) Φραγκίσκος, περ. 1342.
9) Αντώνιος Α΄ Ντε Ρικάρντο 1343.
10) Ραϋμόνδος 1351.
11) Ριπρανδίνος, από επίσκοπος Αρίου στην Agienses 25-5-1352.
12) Μάρκος από το 1364 (μέχρι 1368;).
13) Βαρθολομαίος 1368-1389.
14) Μάρκος Κονταρίνης 1389.
15) Κατερίνος Μπάρμπος, φραγκισκανός, 12-10-1390 μέχρι 1395.
16) Ανδρέας Α΄ Μπον, 12-4-1396-1406 τουλάχιστον.
17) Παύλος Μπαρότζης Βενετός, 27-3-1411 μέχρι 1417.
18) Λουκάς Γριμάνης, μετατέθηκε από το Ηράκλειο 4-5-1418- μέχρι 1450.
19) Μιχαήλ, δομηνικανός, μετατέθηκε από το Ηράκλειο 1-10-1451 μέχρι 1474.
20) Αντώνιος Β΄ Όρσος, Βενετός αναφ. 1481-1511.
21) Βαρθολομαίος Μέρδος, βικεντίνος, από 11-10-1511 μέχρι 1513.
22) Φραγκίσκος Ντε Μολεντίνα, φραγκισκανός, από 24-7-1513- μέχρι 1523.
23) Αυγουστίνος Δονάτος, Βενετός, 1524-1531 παραιτήθηκε και τον διαδέχτηκε ο αδελφός του.
24) Φίλιππος Δονάτος, Βενετός, 19-1-1539-τουλάχιστον 1547.
25) Αλοΐσιος Λουδοβίκος Δελφίνος, Βενετός, 26-10-1565 μέχρι 15-12-1587.
26) Δομήνικος Μπολάνης, δομηνικανός, 29-1-1588 μέχρι 11-2-1613 παραιτήθηκε.
27) Ανδρέας Β΄ Κορμπέλλι, 1613.
28) Τζιάν Αλβέρτος Γαρζώνης, 7-2-1614 μέχρι 17-11-1618.
29) Γεώργιος Περπινιάνης ή Περπιγιανός, Τήνιος, 15-7-1619 μέχρι 1620
30) Βερνάρδος Φλόρες, σταυροφόρος, 7-6-1621 μέχρι 26-3-1642, μετατέθηκε.
31) Μιλάνος Μπένζι (Bencio ή Benzi), Ιταλός, 1642-1645, τελευταίος επίσκοπος Agienses, έφυγε το 1645 μετά την πτώση των Χανίων, έμεινε ως επίσκοπος πέθανε 1657.
32) Ιωάννης Μέτζο, 19-11-1657 μέχρι 7-3-1664, τιτουλάριος δεν κατείχε την έδρα του.
33) Giorgio Demezzo, 1664, έμενε στη Σούδα ή στο Χάνδακα και μετά το θάνατό του το 1668, εξέλιπαν οι λατίνοι επίσκοποι Χανίων μέχρι 1728, όταν πλέον εκλέγονταν ως τιτουλάριοι.
γ) Επίσκοποι Κυδωνίας και Αποκορώνου από την Τουρκοκρατία μέχρι σήμερα
- Διονύσιος, αναφέρεται ως πρώην Κυδωνίας το 1679.
- Καλλίνικος, αναφέρεται ως πρώην Κυδωνίας το 1684.
- Γεννάδιος, αναφέρεται επιστολή του το 1683.
- Αρσένιος, αναφέρεται ως χειροτονηθείς Κυδωνίας, σε διαδοχή του Γενναδίου, αποκαταστάθηκε το 1699, το 1700 ήταν επίσκοπος Κυδωνίας, ζούσε το 1705,
- Πορφύριος, αντικατέστησε τον Αύγουστο του 1699 τον Αρσένιο αλλά δεν εγκρίθηκε η πράξη από το Πατριαρχείο.
- Εφραίμ, μετά το 1705, αναφέρεται τον Αύγουστο 1706.
- Δανιήλ, πρώην Κυδωνίας και μετά μητροπολίτης Χίου 1714-1741 (πέθανε 21-8-1741).
- Μακάριος ο Ντεπάρης.
- Ιωάσαφ ο Χίος, αναφέρεται 1777 και 1779.
- Μαρτινιανός, εξελέγη Κυδωνίας από ηγούμενος Ζωοδόχου Πηγής, καθαιρέθηκε το Μάρτιο 1780 και εξορίσθηκε στο Άγιο Όρος. Τον Ιούλιο του 1781 υπογράφει ως Κυδωνίας, το 1783 παραιτήθηκε.
- Γεράσιμος, αρχιδιάκονος του Ιωάσαφ του Χίου, εξελέγη το Μάρτιο 1780, αντικαταστάθηκε το 1781 από το Μαρτινιανό που επανήλθε και μετά την παραίτηση εκείνου το 1783 ανέλαβε και αναφέρεται στις 29-8-1797, πέθανε 30 Ιανουαρίου 1815.
- Ιωάσαφ Παυλάκης αναφέρεται το 1805.
- Δαμασκηνός, αναφέρεται στα δίπτυχα Χρυσοπηγής.
- Καλλίνικος Σαρπάκης, εξελέγη από πρωτοσύγκελλος επίσκοπος Κυδωνίας στις 3-4-1815, φυλακίσθηκε 15-6-1821 και πέθανε 12-7-1822.
- Αρτέμιος, διάκονος και συγκρατούμενος του Καλλινίκου, εξελέγη επίσκοπος Κυδωνίας και Κισάμου 8-11-1831-1846.
- Κάλλιστος Φυντίκης Ιερομνήμων, εξελέγη από ηγούμενος Αγίου Ελευθερίου στις 22-6-1846 και πέθανε 14-5-1858.
- Μισαήλ Μαρμαράκης ή Τσιστράκης ή Ιωαννίδης, εξελέγη επίσκοπος Κυδωνίας και Κισάμου τον Ιανουάριο 1859, από τον Απρίλιο 1860 Κυδωνίας και Αποκορώνου, πέθανε 18-4-1869.
- Γαβριήλ Γρηγοράκης εξελέγη 28-6-1869 πέθανε 4-9-1880.
- Ιερόθεος Μπραουδάκης, Δεκέμβριος 1881–1882, δεν ενθρονίστηκε μετατέθηκε Ρεθύμνης.
- Νικηφόρος Ζαχαριάδης ή Λαδωμένος, μετατέθηκε από Αρκαδίας τον Απρίλιο 1887-1912 παραιτήθηκε.
- Αγαθάγγελος Νινολάκης, Μάιος 1912 πέθανε 7-6-1935.
- Αγαθάγγελος Ξηρουχάκης, 1-3-1936 πέθανε 24-2-1958.
- Νικηφόρος Συτζανάκης 29-3-1959 παραιτήθηκε 27-6-1974.
- Ειρηναίος Αθανασιάδης εξελέγη 8-2-1975 εξελέγη Αρχιεπίσκοπος Κρήτης 31-8-2006.
- Δαμασκηνός Παπαγιαννάκης εξελέγη 7/11/2006 πέθανε 8-4-2025.
+ πρωτ. Μιχαήλ Βλαβογιλάκης
θεολόγος – ιστορικός